โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย สุราษฎร์ธานี จัดตั้งขึ้นในวโรกาสพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ทรงครองราชสิริสมบัติครบ 50 ปี ด้วยสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณอันสูงยิ่ง ที่ทรงมีน้ำพระทัยในการศีกษา กระทรวงศึกษาธิการจึงจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาขึ้นทั่วประเทศ 9 โรกาสเป็นการเฉลิมพระเกียรติและเป็นอนุสรณ์สถานทางการศึกษา ซึ่งต่อมาพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯได้พระราชทานชื่อโรงเรียนว่า โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย สุราษฎร์ธานี ในปี พ.ศ. 2538 โดยใช้สถานที่ตั้ง อำเภอไชยา จังหวัดสุราษฎร์ธานี ซึ่งเป็นพื้นที่ที่ผู้บริจาคที่ดิน คือพระภิรมย์ วิมโล,นายคล่อง เชื้อกลับ และนายผัน ช่วยอยู่ ได้บริจาคไว้ให้กับกรมสามัญศึกษา บนเนื้อที่ประมาณ 56 ไร่ 2 งาน 50 ตารางวา โดยมีนายวิจารย์ คุ้มไทย ผู้อำนวยการโรงเรียนไชยาวิทยาปฏิบัติหน้าที่ผู้บริหารโรงเรียนคนแรก

พ.ศ. 2539 กรมสามัญศึกษา ได้แต่งตั้งให้นายบัญญัติ สุขขัง ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนสุราษฎร์พิทยา ทำหน้าที่รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ของโรงเรียน และเริ่มเปิดรับนักเรียนในปีการศึกษา 2539 เป็นปีแรก มีนักเรียนทั้งสิ้นจำนวน 92 คน โดยขอใช้สถานที่ตั้งโรงเรียนชั่วคราว ณ โรงเรียนไชยาวิทยา อำเภอไชยา จังหวัดสุราษฎร์ธานี

โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัยสุราษฎร์ธานี รับสมัครนักเรียนทั้งประจำ และไป-กลับ ในเขตพื้นที่บริการ 5 จังหวัดภาคใต้ คือจังหวัดชุมพร จังหวัดนครศรีธรรมราช จังหวัดพัทลุง จังหวัดสงขลาและจังหวัดสุราษฎร์ธานี ตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 เป็นต้นไป รับทั้งนักเรียนประจำ และนักเรียนไป-กลับ