ชื่อโรงเรียนกำเนิดวิทย์ เป็นนามพระราชทานจาก สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี อันหมายถึงโรงเรียนที่เป็นแหล่งความรู้ (Genesis of Knowledge) และทางโรงเรียนกำเนิดวิทย์ยังได้รับพระราชกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมจากสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี พระราชทานเข็มติดเสื้อแก่นักเรียนโรงเรียนกำเนิดวิทย์ทุกคน