โรงเรียนกุนนทีรุทธารามวิทยาคม เริ่มเปิดทำการสอนเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2501 เดิมเป็นโรงเรียนประชาบาล เปิดทำการสอนชั้น ม.ศ.1 ตั้งอยู่ในเขตพื้นที่วัดกุนนทีรุทธาราม เขตดินแดง ตามคำสั่งกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ 17 มิถุนายน 2501 โรงเรียนได้รับโอนที่ดิน จำนวน 1 ไร่ 38 ตารางวา และอาคารไม้ 1 หลัง 2 ชั้น 4 ห้องเรียน โดยมีนายมนูญ เสียงพิบูลย์ เป็นผู้รักษาการแทนครูใหญ่

พ.ศ. 2519 พระครูโอภาสธรรมโสภณ เจ้าอาวาสวัดกุนนทีฯและคณะกรรมการวัด ได้บริจาคที่ดินทางด้านทิศตะวันออกของวัดแก่กรมสามัญศึกษา จำนวน 7 ไร่ 3 งาน 85.25 ตารางวา เพื่อสร้างเป็นโรงเรียนกุนนทีรุทธารามวิทยาคม