โรงเรียนคลองฉนวนวิทยา เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาขนาดเล็ก เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษาดังนี้

ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น EN : Junior High School

• จัดการศึกษาทั่วไปตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน

ระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย EN : Senior High School

• ห้องเรียนส่งเสริมการเรียนรู้ทางด้านวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ (วิทย์-คณิต) (ห้อง 1)
• ห้องเรียนส่งเสริมการเรียนรู้ทางด้านศิลปศาสตร์ (ศิลป์ทั่วไป) (ห้อง 2)