โรงเรียนชลประทานวิทยาเปิดสอนวันแรกเมื่อวันที่ 2 มิถุนายน พ.ศ. 2498[2] โดยดำริของหม่อมหลวงชูชาติ กำภู อดีตอธิบดีกรมชลประทาน และรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ เนื่องจากในขณะนั้น กรมชลประทานกำลังดำเนินการก่อสร้างเขื่อนเจ้าพระยา อยู่ที่จังหวัดชัยนาท และมีโครงการที่จะก่อสร้างเขื่อนภูมิพลที่จังหวัดตาก ในการนี้จะต้องมีการย้ายหน่วยงานบางหน่วยงานของกรมชลประทานจากสามเสนมาอยู่ที่อำเภอปากเกร็ด ทำให้ข้าราชการต้องย้ายสถานที่ทำงาน ท่านหม่อมหลวงชูชาติ กำภู มีความห่วงใยในเรื่องสถานศึกษาของบุตรหลานข้าราชการกรมชลประทาน จึงให้ท่านอาจารย์ประหยัด ไพทีกุล หัวหน้าแผนกอาณาบาลกรมชลประทานในขณะนั้น ดำเนินการจัดตั้งโรงเรียนขึ้นเมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2498 การจัดตั้งโรงเรียนนั้นเต็มไปด้วยปัญหา เพราะเวลานั้นโรงเรียนต่าง ๆ ได้เปิดภาคเรียนของปีการศึกษา 2498 ไปแล้วถึง 4 วัน (เปิดเรียนวันที่ 16 พฤษภาคม) และการจัดตั้งโรงเรียนต้องขออนุญาตภายในเดือนกุมภาพันธ์ โดยให้อาจารย์ประหยัด ไพทีกุลเป็นผู้จัดการโรงเรียน และอาจารย์โกศล ภาสวณิช เป็นอาจารย์ใหญ่