โรงเรียนดอนเมืองจาตุรจินดา แบ่งออกเป็น 5 คณะสี ซึ่งแต่ละสีมีความหมายสอดคล้องกับสัญลักษณ์ประจำโรงเรียน

มีชื่อเรียงตามลำดับดังนี้

1.คณะสีนนทรี(สีเหลือง) นนทรีเป็นต้นไม้ประจำโรงเรียน มีดอกสีเหลือง มีลำต้นใหญ่ แผ่กิ่งก้านสาขาให้ความร่มรื่น

2.คณะสีศรีจาตุร (สีชมพู) นามสกุลของท่านผู้มีพระคุณก่อตั้งโรงเรียนเป็นศรีสง่าแก่ชาวดอนเมือง

3.คณะสีพชรกร (สีเขียว)คุณกร จาตุรจินดาผู้มีจิตศรัทธาสนับสนุนส่งเสริมให้เกิดสถาบันการศึกษาที่มุ่งหวังให้เยาวชนของชาติมีความเพียบพร้อมเป็นเลิศดุจเพชรอันสูงค่า

4.คณะสีพรพลอยจินดา (สีแสด) นามมารดาของผุ้บริจาคที่ดินอันเป็นมงคลให้ก่อสร้างโรงเรียน ซึ่งเป็นบุคคลที่ชาวด.ม.จ.ให้ความเคารพสูงสุด

5.คณะสีฟ้าเมืองดอน (สีฟ้า) โรงเรียนดอนเมืองจาตุรจินดาตั้งอยู่ในเขตดอนเมือง มีกองทัพอากาศให้การสนับสนุนและเป็นโรงเรียนที่มีกิจกรรมลูกเสืออากาศ

ชื่อ ความหมาย และสีประจำคณะสี จะเป็นคติธรรมที่จะนำไปสู่ขบวนการ ร่วมมือกันสร้างสรรค์ และพัฒนาให้รู้จักรักและสามัคคี อันเป็นพลังนำพาให้เรืองรอง ด้วยความดี มีน้ำใจ และเป็นที่พึ่งทางสติปัญญาของสังคมและประเทศชาติ สมดั่งเจตนารมณ์ของผู้บริจาคที่ดินสืบไปตราบชั่วกาลนาน