โรงเรียนนครขอนแก่น เป็นโรงเรียนเดียวของประเทศไทยที่ใช้ชื่อคณะสีจากที่ตั้งเมืองขอนแก่น

• ██ คณะเมืองเก่านคร (สีเหลือง)
• ██ คณะโนนทันนคร (สีชมพู)
• ██ คณะดอนบมนคร (สีเขียว)
• ██ คณะทุ่มนคร (สีแสด)
• ██ คณะพระลับนคร (สีฟ้า)
• ██ คณะเมืองเพียนคร (สีม่วง) ปัจจุบันไม่ได้จัดตั้งคณะสีนี้
• ██ คณะดอนพันชาตินคร (สีแดง) ปัจจุบันไม่ได้จัดตั้งคณะสีนี้

ประกาศรายชื่อคณะสีประจำปีการศึกษา 2560

• ██ คณะเมืองเก่านคร (สีเหลือง) ม.1/2 ม.1/7 ม.2/5 ม.2/6 ม.3/1 ม.3/7 ม.4/2 ม.5/4 ม.6/1 ม.6/6
• ██ คณะโนนทันนคร (สีชมพู) ม.1/3 ม.1/8 ม.2/3 ม.2/7 ม.3/2 ม.3/9 ม.4/3 ม.4/7 ม.5/3 ม.6/2
• ██ คณะดอนบมนคร (สีเขียว)ม.1/4 ม.1/9 ม.2/2 ม.2/8 ม.3/3 ม.3/8 ม.4/4 ม.5/2 ม.5/6 ม.6/3
• ██ คณะทุ่มนคร (สีแสด)ม.1/5 ม.1/10 ม.1/11 ม.2/1 ม.2/9 ม.3/5 ม.3/6 ม.4/5 ม.4/6 ม.5/1 ม.6/5
• ██ คณะพระลับนคร (สีฟ้า) ม.1/1 ม.1/6 ม.2/4 ม.2/10 ม.3/4 ม.3/10 ม.4/1 ม.5/5 ม.5/7 ม.6/4 ม.6/7

ประกาศรายชื่อคณะสีประจำปีการศึกษา 2561

• ██ คณะเมืองเก่านคร (สีเหลือง) ม.1/1 ม.1/6 ม.1/11 ม.2/2 ม.2/7 ม.3/5 ม.3/6 ม.4/1 ม.5/2 ม.6/4 ม.6/7
• ██ คณะโนนทันนคร (สีชมพู) ม.1/2 ม.1/7 ม.1/12 ม.2/3 ม.2/8 ม.3/3 ม.3/7 ม.4/2 ม.5/3 ม.5/7 ม.6/3
• ██ คณะดอนบมนคร (สีเขียว) ม.1/3 ม.1/8 ม.2/4 ม.2/9 ม.3/2 ม.3/8 ม.4/3 ม.5/4 ม.6/2 ม.6/6
• ██ คณะทุ่มนคร (สีแสด) ม.1/4 ม.1/9 ม.2/5 ม.2/10 ม.3/1 ม.3/9 ม.4/4 ม.5/5 ม.5/6 ม.6/1
• ██ คณะพระลับนคร (สีฟ้า) ม.1/5 ม.1/10 ม.2/1 ม.2/6 ม.3/4 ม.3/10 ม.4/5 ม.5/1 ม.6/5 ม.6/8