ปีพุทธศักราช 2457 พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมขุนมธุรพงศ์ศิริพัฒน์ สมุหเทศาภิบาลมณฑลนี ทรงเห็นว่า มีนักเรียนเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ มีอาคารไม่พอรับกับจำนวนนักเรียน แบบอาคารไม่ถูกต้อง ตามแบบของกระทรวงธรรมการในสมัยนั้น จึงได้บอกบุญเรี่ยไรเงินจากพ่อค้า ประชาชน และข้าราชการ เพื่อสร้างโรงเรียนประจำจังหวัดเป็นหลังแรก

ปีพุทธศักราช 2459 หม่อมเจ้าธำรงศิริ สมุหเทศาภิบาลประจำมณฑล ได้สั่งให้พระยาบรรหารวรอรรถ ทำสัญญาก่อสร้างโรงเรียนขึ้น ณ บริเวณฝั่งขวาของแม่น้ำนครนายก ใกล้ที่ทำการศาลากลางจังหวัด ใช้ค่าก่อสร้างประมาณ 13,000 บาท เปิดสอนนักเรียนตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2460 สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอพระยาภานุพันธุ์วงศ์วรเดช ผู้รักษาราชการแผ่นดินสมัยนั้น ได้พระราชทานนามโรงเรียนใหม่ว่า "นาครส่ำสงเคราะห์"

สำหรับโรงเรียนศรีนครนายก นับเป็นโรงเรียนสตรีแห่งแรกของจังหวัดนครนายก เดิมเป็นโรงเรียนฝึกหัดครูมีการสอนทอผ้า ต่อมาเปลี่ยนเป็นสอนวิชาสามัญ คือ สอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 หากผู้ใดต้องการเรียนต่อสูงขึ้น ก็เข้าต่อที่โรงเรียนนาครสำสงเคราะห์ ส่วนสถานที่โรงเรียนศรีนครเดิมนั้นเป็นกรมทหาร ต่อมากรมทหารย้ายไปอยู่จังหวัดปราจีนบุรี จึงยกสถานที่ซึ่งมีเนื้อที่ 25 ไร่ ให้เป็นโรงเรียนสตรีโดยแบ่งเนื้อที่เป็น 2 ส่วน คือ เป็นของโรงเรียนการช่างนครนายก 12 ไร่ และเป็นโรงเรียนสตรีประจำจังหวัด 13 ไร่

วันที่ 5 สิงหาคม พุทธศักราช 2515 กรมสามัญศึกษาได้ประกาศรวมโรงเรียนศรีนครนายก และโรงเรียนนาครส่ำสงเคราะห์เข้าด้วยกัน และใช้ชื่อใหม่ว่า "โรงเรียนนครนายกวิทยาคม" มีพื้นที่ 39 ไร่ 1 งาน 63 ตารางวา เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 จนถึงปัจจุบัน