โรงเรียนนานาชาติเอกมัยเดิมเป็นศูนย์ฝึกอบรมเด็กของ "กลุ่มคริสเตียนวันเสาร์" (ชื่อกลุ่ม) ในประเทศไทย ก่อตั้งเมื่อ ค.ศ. 1946 โดยมีเด็กที่อยู่ในการดูแลเพียง 4 คน โดยดัดแปลงห้องเรียนในโรงรถเป็นสถานที่เรียนบริเวณถนนพญาไท ต่อมาห้องเรียนถูกสร้างขึ้นใหม่โดยใช้ไม้ไผ่และหลังคาที่เป็นโลหะ ซึ่งถูกใช้เป็นสถานที่เรียน 2 ปี

ค.ศ. 1957 โรงเรียนได้ซื้อที่ดินบริเวณเอกมัย ซึ่งห่างไกลจากบริเวณตัวเมืองออกมาเล็กน้อย และได้สร้างอาคารเรียนขึ้นมาในระดับมัธยมศึกษาเป็นอาคารแรก โดยใช้การเรียนการสอนเป็นภาษาอังกฤษ (นานาชาติ) โดยใช้ชื่อว่า Seventh Day Adventist School (เซเว่นเดย์แอดเวนติส)

ค.ศ. 1992 โรงเรียนได้ใช้ชื่ออย่างเป็นทางการว่าโรงเรียนนานาชาติเอกมัย (Ekamai International School) โดยได้รับการรับรองจากรัฐบาลไทยและในปี ค.ศ. 1998 ได้รับการรับรองจากสมาคมโรงเรียนและวิทยาลัยตะวันตก (WASC) ในเมือง Burlingame รัฐแคลิฟอร์เนีย ประทศสหรัฐอเมริกา

นักเรียนของที่นี่ส่วนใหญ่เป็นนักเรียนที่เป็นคนไทย และมีนักเรียนแลกเปลี่ยนจาก 23 ประเทศเข้ามาเรียนด้วย[2]