เครื่องหมายราชการโรงเรียนนายเรืออากาศนวมินทกษัตริยาธิราช เป็นรูปพระมหาพิชัยมงกุฎ มีพระอุณาโลมประดิษฐานอยู่ภายใน ส่วนยอดพระมหาพิชัยมงกุฎมีพระรัศมีล้อมรอบ เบื้องล่างพระมหาพิชัยมงกุฎเป็นรูปอาร์มมีแถบสีธงไตรรงค์คาดเฉียง มีรูปปีกนกทรงรูปอาร์มไว้ทั้งด้านขวาและซ้าย (ปีกนักบินชั้นที่ 1) และภายใต้รูปอาร์มเป็นรูปดาว 5 แฉก มีช่อชัยพฤกษ์โค้งรองรับอยู่เบื้องล่าง รูปทั้งหมดอยู่ในวงกลมเบื้องล่างมีแพรแถบข้อความว่า “โรงเรียนนายเรืออากาศนวมินทกษัตริยาธิราช”

• ปีกนักบินชั้นที่ 1 เป็นสัญลักษณ์ของนักบินทหารอากาศ แสดงถึงนักเรียนนายเรืออากาศซึ่งสำเร็จออกเป็นนายทหารสัญญาบัตร และจะเป็นนักบินของทหารอากาศต่อไป
• ดาว 5 แฉกสีเงิน แสดงถึง ความมีเกียรติ นักเรียนนายเรืออากาศทุกคนมุ่งมั่นปรารถนาที่จะรับราชการให้มีความก้าวหน้าสูงถึงขั้นนายพลอากาศ
• ช่อชัยพฤกษ์ใบสีทอง แสดงถึง ความสำเร็จด้านการศึกษาของนักเรียนนายเรืออากาศ เพื่อที่ออกไปรับราชการเป็นนายทหารสัญญาบัตรต่อไป
• วงกลมสีฟ้า และแถบปลายแฉกสะบัดสีเหลือง โดยสีฟ้า-เหลือง เป็นสีประจำโรงเรียนนายเรืออากาศฯ