โรงเรียนบ้านตาขุนวิทยาวิทยา เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษาดังนี้

ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น EN : Junior High School

• จัดการศึกษาทั่วไปตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน

ระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย EN : Senior High School

• ห้องเรียนส่งเสริมการเรียนรู้ทางด้านวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ (วิทย์-คณิต)
• ห้องเรียนส่งเสริมการเรียนรู้ทางด้านศิลปศาสตร์ (ศิลป์คำนวณและศิลป์ทั่วไป)