โรงเรียนปราจีนกัลยาณี เดิมชื่อโรงเรียนประจำจังหวัดปราจีนบุรี "ปราจิณราษฎรอำรุง" ตั้งอยู่ข้างวัดหลวงปรีชากูล (สถานที่ตั้งโรงเรียนเทศบาล 2)

ต่อมาในปี พ.ศ. 2456 ได้เริ่มทำการสอนในระดับประถมศึกษาและขยายชั้นเรียนเพิ่มขึ้นทุกปีจนถึงระดับมัธยมศึกษา

จนกระทั่งปี พ.ศ. 2460 ได้แยกออกเป็น 2 โรงเรียน คือ โรงเรียนปราจิณราษฎรอำรุง เป็นโรงเรียนประจำจังหวัดชาย แล้วย้ายไปตั้งอยู่ในสถานที่ปัจจุบัน ส่วนโรงเรียนประจำจังหวัดหญิงตั้งอยู่ที่เดิม ใช้ชื่อว่าโรงเรียนสตรีประจำจังหวัดปราจีนบุรี "สตรีปราจีนกัลยาณี" และเปิดทำการสอนระดับมัธยมศึกษาโดยรับเฉพาะนักเรียนหญิง

ในปี พ.ศ. 2498 ได้ย้ายมาอยู่ที่ปัจจุบัน ซึ่งเป็นที่ดินของที่ราชพัสดุ และได้เปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนปราจีนกัลยาณี พร้อมขยายชั้นเรียนถึงระดับมัธยมศึกษาตอนปลายและเริ่มรับนักเรียนชายในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย

ในปี พ.ศ. 2506 ปัจจุบันเป็นโรงเรียนสหศึกษาโดยรับนักเรียนชายในระดับมัธยมศึกษาตอนต้นในปี พ.ศ. 2539 เป็นต้นมา

ปัจจุบันเป็นโรงเรียนประจำจังหวัดปราจีนบุรีเป็นที่รู้จักในนาม ป.ก.ณ.