โรงเรียนพรตพิทยพยัตก่อตั้งบนที่ดิน 1,041 ไร่ของของ คุณหญิงเลี่ยม บุนนาคที่ได้มอบที่ดินให้กระทรวงศึกษาธิการ โดยมีวัตถุประสงค์ให้สร้างสถาบันทางการศึกษาขึ้นในท้องที่เขตลาดกระบังเพื่อให้เยาวชนในเขตลาดกระบังได้มีการศึกษา

เลี่ยม บุนนาค ได้สมรสกับหลวงพรตพิทยพยัต ไม่มีบุตรธิดาด้วยกัน เลี่ยมจึงได้เจริญรอยตามเจตนารมณ์เดิมของเจ้าคุณทหาร คือ ต้องการให้สร้างโรงเรียนขึ้นในท้องที่นี้ ท่านได้สร้างบ้านพักไว้ 1 หลัง ในปี พ.ศ. 2492 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศตั้งโรงเรียนมัธยมขึ้นในท้องที่ลาดกระบัง ได้ใช้บ้านพักของท่านเลี่ยมเป็นโรงเรียนชั่วคราวและ ตั้งชื่อว่า "โรงเรียนพรตพิทยพยัต" เพื่อเป็นอนุสรณ์แก่ ศ.ดร.หลวงพรตพิทยพยัต ได้เปิดสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2492

ปี พ.ศ. 2500 ท่านเลี่ยมได้มอบที่ดินให้กระทรวงศึกษาธิการ และแบ่งให้โรงเรียนพรตพิทยพยัต จำนวน 200 ไร่ (นอกนั้นให้ใช้เป็นสถานที่ก่อสร้างสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณทหารลาดกระบัง) ต่อมาโรงเรียนพรตพิทยพยัตได้แบ่งที่ดิน จำนวน 63 ไร่ให้แก่วิทยาลัยช่างศิลป์ โรงเรียนพรตพิทยพยัตจึงเหลือที่ดิน 137 ไร่