กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศ ตั้งโรงเรียนภัทรญาณวิทยา เมื่อวันที่ 19 เมษายน 2516 โดยใช้สมณศักดิ์ของเจ้าอาวาสวัดสัมปทวนท่านพระครูภัทรญาณ (หลวงพ่อโพธิ์) เจ้าอาวาสวัดสัปทวนในสมัยนั้น ตั้งเป็นชื่อโรงเรียน ทั้งนี้เพราะหลวงพ่อโพธิ์ ได้อนุญาตให้ใช้ที่ดินของวัดสัมปทวน จำนวน 22 ไร่ 3งาน 16 ตารางวา เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียน ซึ่งตั้ง อยู่เลขที่ 39/10 หมู่ 3 ตำบลวัดแค อำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม และประชาชนได้ร่วมบริจาคที่ดินสมทบ ให้เป็นผืนเดียวกันอีก อีก 1 ไร่ 30 ตารางวา รวมเป็น 23 ไร่ 3 งาน 46 ตารางวา โรงเรียนเริ่มรับนักเรียนชั้น ม.ศ. 1 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2516 โดยอาศัยโรงเรียนนครชัยศรี (วัดแคราษฏร์บำรุง) สังกัดกองการประถมศึกษา กรมสามัญศึกษาต่อมาปีการศึกษา 2517 กรมสามัญศึกษาประกาศยุบโรงเรียนนครชัยศรี ซึ่งเปิดสอนระดับประถม ศึกษารวมกับโรงเรียนภัทรญาณวิทยาให้เป็นเพียงโรงเรียนเดียวจัดสอนในระดับมัธยมศึกษา โดยมีนายจีรศักดิ์ ไพศาล เป็นผู้บริหารคนแรก และรวมทรัพย์สินเป็นโรงเรียนเดียวกันที่ดินของวัดแค จำนวน 11 ไร่ 40 ตารางวา โรงเรียนจึงมีที่ดินรวม 34 ไร่ 3 งาน 86 ตารางวา