ในปี พ.ศ. 2529 โรงเรียนสุราษฏร์พิทยาได้เปิดสาขาที่หมู่บ้านควนยูงโดยอาศัยอาคารเรียนของโรงเรียนบ้านควนยูง

ในปี พ.ศ. 2530 ประชาชนในหมู่บ้าน ได้ร่วมกันสร้างอาคารเรียนชั่วคราว 1 หลัง   และได้รับความอนุเคราะห์ในการบริจาคที่ดิน จำนวน 35 ไร่ จากนิคมสร้างตนเองขุนทะเล จัดการเรียนการสอนโดยได้รับการอนุเคราะห์ครูจากโรงเรียนสุราษฎร์พิทยา มีนางวิมล สุวรรณเวลา เป็นผู้อำนวยการโรงเรียนสุราษฎร์พิทยาในสมัยนั้น

ในปี พ.ศ. 2532 กระทรวงศึกษาธิการ จัดตั้งเป็นโรงเรียนใหม่ชื่อ "โรงเรียนขุนทะเลบวรวิทย์ " ประกาศเมื่อวันที่ 10 มิถุนายน พ.ศ. 2532 พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งทรงเป็นสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ สยามมกุฎราชกุมารทรงสนพระทัย ทางด้านการศึกษาโดยได้พระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ เพื่อสมทบทุนสร้างโรงเรียนที่ห่างไกล 6 แห่ง ในส่วนภูมิภาคของประเทศ กระทรวงศึกษาธิการจึงได้ถวายโรงเรียนขุนทะเลบวรวิทย์ เป็นโรงเรียนแห่งหนึ่งในโครงการพระราชดำริ  โดยได้รับพระราชทานชื่อ"โรงเรียนมัธยมวัชเรศร" เมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม พ.ศ. 2532  มีนางสลวย ลาภชูรัต  เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน ในสมัยนั้น

เมื่อวันที่ 24 กรกฎาคม พ.ศ. 2532 พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งทรงเป็นสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ สยามมกุฎราชกุมาร ทรงวางศิลาฤกษ์โรงเรียน โดยกรมสามัญศึกษาแต่งตั้งให้ นายยงยุทธ เชื้อบ่อคา ดำรงตำแหน่งครูใหญ่

ในวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2533 พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งทรงเป็นสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จทอดพระเนตรการเรียนการสอนและเยี่ยมเยียนโรงเรียน ตลอดจนประชาชนในเขตพื้นที่บริการที่เฝ้ารับเสด็จอย่างใกล้ชิด

และในวันที่ 28 สิงหาคม พ.ศ. 2540 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศเปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น " โรงเรียนมัธยมพัชรกิติยาภา ๓ สุราษฎร์ธานี " ตามพระราชประสงค์ในพระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งทรงเป็นสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ สยามมกุฎราชกุมาร