โรงเรียนมัธยมวัดดุสิตาราม ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่  5  มิถุนายน  พ.ศ. 2504  โดยเปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 7

ต่อมาในปีพ.ศ. 2519  โรงเรียนได้โอนจากกองการ ประถมศึกษามาสังกัด กองการมัธยมศึกษา  กรมสามัญศึกษา เปิดทำการสอนระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 (ม.ศ. 1)  ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 (ม.ศ. 3) และในปี 2521  ได้เปิดทำการสอนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 (ม. 1)  ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 (ม. 3) ตามแนวทางของกระทรวงศึกษาธิการในสมัยนั้น

ต่อมาพ.ศ. 2526  กรมสามัญศึกษา  อนุมัติให้โรงเรียนเปิดทำการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6