โรงเรียนมัธยมวัดมกุฏกษัตริย์ เปิดการเรียนการสอนแบ่งออกเป็น 2 ช่วงชั้น ได้แก่

1. ช่วงชั้นที่ 3 (มัธยมศึกษาปีที่ 1-3) มีกลุ่มการเรียน ดังนี้

• กลุ่มการเรียนวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์
• กลุ่มการเรียนทั่วไป เพิ่มเติมภาษาจีน
• กลุ่มการเรียนทั่วไป เพิ่มเติมภาษาเกาหลี
• กลุ่มการเรียนทั่วไป (ตามหลักสูตรขั้นพื้นฐาน)

2. ช่วงชั้นที่ 4 (มัธยมศึกษาปีที่ 4-6) มีแผนการเรียน ดังนี้

• แผนการเรียนคณิตศาสตร์ - วิทยาศาสตร์
• แผนการเรียนคณิตศาสตร์ - วิทยาศาสตร์ (เพิ่มเติมภาษาเกาหลี)
• แผนการเรียนคณิตศาสตร์ - ภาษาอังกฤษ
• แผนการเรียนคณิตศาสตร์ - ภาษาฝรั่งเศส
• แผนการเรียนคณิตศาสตร์ - ภาษาจีน
• แผนการเรียนคณิตศาสตร์ - ภาษาเกาหลี
• แผนการเรียนทั่วไป (เพิ่มเติมพลศึกษา และเทคโนโลยี)

(*ข้อมูลล่าสุดวันที่ 8 กุมภาพันธ์ 2562)