บาทหลวงมารีอุส หลุยส์ เบรย์ เป็นผู้ก่อตั้งโรงเรียนมารีย์วิทยา โดยได้รับใบอนุญาตจากกระทรวงศึกษาธิการเมื่อวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2499 เปิดทำการเรียนการสอนเมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2499 โดยให้คณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร เข้ามาดำเนินงานบริหารงาน เปิดสอนระดับประถมศึกษา มีนักเรียนจำนวน 210 คน ครู 6 คน และเซอร์ 3 คน โดยมีเซอร์โยโซฟอันนา ดำรงตำแหน่งอธิการิณี และเซอร์อัลฟองส์ เดอ แซงปีแอร์ ดำรงตำแหน่งผู้จัดการและครูใหญ่ ปี พ.ศ. 2502 โรงเรียนมารีย์วิทยาได้เปิดการเรียนการสอนระดับมัธยมศึกษาตอนต้น มีจำนวนนักเรียนทั้งหมด 1,700 คน และครู 35 คน ในปีนี้โรงเรียนมารีย์วิทยาได้รับการรับรองวิทยฐานะให้เทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาล ทางโรงเรียนได้สร้างห้องสมุด ห้องวิทยาศาสตร์ ห้องสังคมศึกษา และสนามกีฬา ในปี พ.ศ. 2506 โรงเรียนได้เปิดการเรียนการสอนตั้งแต่ระดับก่อนประถมศึกษาถึงระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย และในวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2551 ได้รับพระกรุณาธิคุณจาก ทูลกระหม่อมหญิงอุบลรัตนราชกัญญา สิริวัฒนาพรรณวดี เสด็จทรงเปิดศูนย์เพื่อนใจวัยรุ่น (To Be Number One Friend Corner) และทรงเป็นประธานในการแสดงคอนเสิร์ต To Be Number One ด้วย