โรงเรียนย่านตาขาวรัฐชนูปถัมภ์ สังกัดกองการศึกษา กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ถือกำเนิดเมื่อวันที่ 3 มีนาคม พ.ศ. 2524 ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ด้วยกระทรวงศึกษาธิการได้พิจารณาเห็นว่า “โรงเรียนย่านตาขาว” กับ “โรงเรียนรัฐชนูปถัมถ์” อำเภอย่านตาขาว จังหวัดตรัง สังกัดกองการมัธยมศึกษา กระทรวงศึกษาธิการเป็นโรงเรียนที่อยู่ใกล้กัน ประสบปัญหาในเรื่องการรับนักเรียนได้ไม่เต็มตามแผนที่กำหนดไว้ อันเป็นอุปสรรคในการที่จะสนับสนุนด้านงบประมาณต่างๆ

ฉะนั้นอาศัยอำนาจตามความในข้อ 23 แห่งประกาศคณะปฏิวัติฉบับที่ 216 ลงวันที่ 29 กันยายน พ.ศ. 2515 กระทรวงศึกษาธิการจึงประกาศให้รวม โรงเรียนย่านตาขาว กับ โรงเรียนรัฐชนูปถัมภ์ เข้าด้วยกัน โดยใช้ชื่อใหม่ว่า “โรงเรียนย่านตาขาวรัฐชนูปถัมภ์” สังกัดกองการมัธยมศึกษา กรมสามัญศึกษา ทั้งนี้ ตั้งแต่ปีการศึกษา 2524 เป็นต้นมา ประกาศ ณ วันที่ 3 มีนาคม พ.ศ. 2524 โดย นายสิปนนท์ เกตุทัต รัฐมนตรีการกระทรวงศึกษาในสมัยนั้น

สำหรับ “โรงเรียนย่านตาขาว” นั้น เดิมเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษา สังกัดกรมสามัญศึกษา เปิดเมื่อ พ.ศ. 2497 รับนักเรียนชั้น ม.1-ม.3 ในปี พ.ศ. 2504 ได้เลิกรับนักเรียนชั้น ม.1 แต่รับนักเรียนชั้น ป.5 แทน และปี พ.ศ. 2520 ได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการยุบเลิกโรงเรียนประถมศึกษา สังกัดกรมสามัญศึกษา ที่ตั้งอยู่นอกเขตสุขาภิบาล ให้เป็นมัธยมศึกษา ตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2520 โดยรับนักเรียนชั้น ม.ศ. 1 แทน

ส่วน “โรงเรียนรัฐชนูปถัมภ์” เดิมเป็นโรงเรียนเอกชน ชื่อ “โรงเรียนเบญจพัฒนา” ของนายอรุณ สุนทรนนท์ กรมสามัญศึกษาได้ซื้อที่ดินและอาคารเรียนเป็นเงิน 2,119,000 บาท (สองล้านหนึ่งแสนหนึ่งหมื่นเก้าพันบาทถ้วน) มาประกาศเป็นโรงเรียนใหม่ เมื่อวันที่ 21 มีนาคม พ.ศ. 2516 ชื่อว่า “โรงเรียนย่านตาขาววิทยา” และเปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนรัฐชนูปถัมภ์” เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม พ.ศ. 2517

จากการประกาศรวมโรงเรียนดังกล่าว ทำให้โรงเรียนจัดการศึกษาออกเป็น 2 เขต คือ เขต1 คือบริเวณโรงเรียนรัฐชนูปถัมภ์เดิม มีเนื้อที่ 35 ไร่ 2 งาน 58 ตารางวา เป็นที่เรียนชั้น ม.2 ถึง ม.6 และเขต2 คือโรงเรียนย่านตาขาวเดิม มีพื้นที่ 16 ไร่ เป็นที่เรียนชั้น ม.1 มาตั้งแต่ปีการศึกษา 2524 และเมื่อเขต 1 มีความพร้อมด้านอาคารสถานที่มากขึ้น จึงย้ายชั้น ม. 1 มาเรียนที่เขต 1 ทั้งหมด เมื่อวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2536 และในปีนี้ได้เปิดโรงเรียนสาขาสำหรับชั้น ม.ต้น ที่ตำบลทุ่งค่าย อำเภอย่านตาขาว 1 สาขา ถึงปี พ.ศ. 2540 โรงเรียนสาขาได้ตั้งเป็นเป็นโรงเรียนตรังรังสฤษฏ์ ส่วนพื้นที่เขต 2 มอบให้สุขาภิบาลดูแลตั้งแต่ปี พ.ศ. 2538 เมื่อสุขาภิบาลได้ยกฐานะเป็นเทศบาลตำบลย่านตาขาว จึงขอใช้พื้นที่นี้เป็นที่ตั้งสำนักงานเทศบาล จำนวน 12 ไร่ และเหลือ 4 ไร่ ใช้เป็นพื้นที่บ้านพักครู