โรงเรียนรัตนาธิเบศร์ได้ก่อตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2443 นับเป็นโรงเรียนแห่งแรกของจังหวัดนนทบุรี เกิดจากการริเริ่มของพระอธิการท้วม (พระครูศีลาภิรม) เจ้าอาวาสวัดบางขวาง และเจ้าพระยารัตนาธิเบศร์ (พุ่ม ศรีไชยยันต์) ผู้เปรียบเสมือนผู้ให้กำเนิดโรงเรียน โดยท่านบริจาคเงินจำนวน 100 ชั่ง จัดสร้างอาคารเรียนหลังแรกขึ้น เป็นอาคารตึก 2 ชั้น 4 ห้องเรียน เปิดเป็นโรงเรียนสอนเด็กชายและหญิง และขนานนามโรงเรียนว่า โรงเรียนรัตนาธิเบศร์ จนกระทั่ง พ.ศ. 2476 เมื่อมีการเปิดโรงเรียนสตรีนนทบุรี โรงเรียนจึงงดรับนักเรียนหญิง คงรับเฉพาะเด็กชาย ต่อมาโรงเรียนได้ขยายพื้นที่และก่อสร้างอาคารเรียนเพิ่มเติมให้เพียงพอกับจำนวนชั้นเรียนและจำนวนนักเรียนซึ่งเพิ่มขึ้นตามลำดับ จนกระทั่ง พ.ศ. 2527 จึงรับนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นและตอนปลาย

ในขณะที่โรงเรียนมีความเจริญก้าวหน้าทางด้านวัตถุนั้น ก็พัฒนาด้านอื่นควบคู่ไปด้วย ได้แก่ ด้านวิชาการ ด้านปกครอง ด้านบริการ ด้านธุรการ เป็นระบบที่ได้มาตรฐานจนได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทานประเภทมัธยมศึกษาขนาดใหญ่ ประจำปีการศึกษา 2531 ได้เข้ารับรางวัลพระราชทานจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2532 ในด้านนักเรียน มีนักเรียน 7 คนของโรงเรียนที่ได้รับรางวัลนักเรียนพระราชทานระดับประเทศในปีการศึกษา 2522, 2525, 2527, 2535, 2544, 2547 และ 2549

ปัจจุบันโรงเรียนรัตนาธิเบศร์เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงมัธยมศึกษาปีที่ 6 โรงเรียนได้ปรับปรุงการจัดการศึกษาเพื่อให้สอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงของสังคมอยู่เสมอ โดยเน้นคุณธรรมนำความรู้ นิยมความเป็นไทย ยึดหลักประชาธิปไตย ปฏิบัติตนตามแนวปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง และส่งเสริมความมีส่วนร่วมของชุมชน โดยได้มีการสานสัมพันธ์กับชุมชน องค์กรต่าง ๆ และได้รับความอนุเคราะห์ตลอดมาเป็นอย่างดี