โรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัย ๒ ได้ก่อตั้งขึ้นเพื่อแก้ปัญหาการรับนักเรียนของสหวิทยาเขตวิภาวดี (สังกัดกรมสามัญศึกษาเดิม) โดยเฉพาะอย่างยิ่งนักเรียนที่เกินจำนวนจากโรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัย ซึ่งกระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนเมื่อวันที่ 31 มกราคม 2546 และรับนักเรียนปีการศึกษา 2546 เป็นปีแรก จำนวน 306 คน แต่เนื่องจากการก่อสร้างอาคารเรียนยังไม่เรียบร้อย จึงได้ฝากนักเรียนโรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัย ๒ ให้เรียนที่โรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัยไปก่อน จนกว่าอาคารเรียนถาวรและอาคารประกอบอื่นๆ จะแล้วเสร็จ ต่อมากรมสามัญศึกษาได้จัดสรรงบประมาณให้ เพื่อดำเนินการก่อสร้างอาคารเรียนแบบกึ่งถาวรจำนวน 2 หลัง ภายในพื่นที่ของโรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัย ซึ่งการดำเนินการทั้งหมดตั้งแต่เริ่มต้นการรับสมัครนักเรียนจนถึงความเตรียม พร้อมทางด้านอาคารสถานที่ ได้รับความร่วมมือและสนับสนุนอย่างดียิ่งจาก นางลัดดา พร้อมมูล ผู้อำนวยการโรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัย และนางพรพิมล พรชนะรักษ์ ผู้ช่วยผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการเป็นผู้ประสาน ตลอดจนคณะครูอาจารย์ทุกท่าน

ต่อมาเมื่อวันที่ 8 เมษายน 2546 กรมสามัญศึกษาได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้ นายกล้าศักดิ์ จิตต์สงวน ตำแหน่งผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนธรรมศาสตร์คลองหลวงวิทยาคม รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนมัธยมวัดเพลงนนทบุรี มาปฏิบัติหน้าที่ครูใหญโรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัย ๒ เป็นผู้บริหารโรงเรียนคนแรกของโรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัย ๒

ในส่วนของการเช่าที่ดินของวัดสายไหม จำนวน 20 ไร่ เพื่อใช้ก่อสร้างอาคารเรียนถาวรนั้น โรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัย ๒ ได้รับความกรุณาและความร่วมมืออย่างดียิ่งจากพลอากาศโทไพโรจน์ รัตนพล โดยได้ติดต่อประสานงานกับพระครูวิเศษภัทรกิจ เจ้าอาวาสวัดสายไหม ซึ่งยินดีที่ให้กรมสามัญเช่าที่ดินดังกล่าว เป็นระยะเวลา 30 ปี และคุณศิริลักษณ์ ทัสนารมย์ พร้อมญาติพี่น้องตระกูล “ทัสนารมย์” ได้อนุญาตให้ใช้ที่ดินหน้ากว้าง 20 เมตร เพื่อทำถนนเป็นทางเข้าโรงเรียน

ปีการศึกษา 2546 โรงเรียนฤทธิยะวรรณาลัย ๒ มีครู 15 คน และนักเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 จำนวน 306 คน

ในปีการศึกษา 2549 ได้ย้ายนักเรียน ครู และผู้บริหาร มายังที่ตั้งแห่งใหม่ในซอยสายไหม 43 เนื้อที่ 20 ไร่ ซึ่งเป็นอาคารเรียนถาวร 6 ชั้น และต่อมาได้สร้างอาคารอเนกประสงค์ 3 ชั้น ซึ่งเป็นห้องเรียนสำหรับฝึกปฏิบัติการ โดยมีหอประชุมอยู่ชั้นที่ 3