จากการสำรวจโรงเรียนในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ที่ใช้คำว่า วัด นำหน้าชื่อทั่วประเทศมีทั้งหมด 21,125 แห่ง เป็นโรงเรียนระดับประถม 20,907 แห่ง และโรงเรียนระดับมัธยมอีก 218 แห่ง

ได้มีโรงเรียนหลายแห่งเปลี่ยนชื่อโดยเอาคำว่า วัด ออก โรงเรียนที่เปลี่ยนชื่อนั้นฝ่ายผู้บริหารโรงเรียน หรือผู้ปกครอง มีทัศนคติที่ไม่ดีต่อชื่อวัดนำหน้า โดยคิดว่าเป็นโรงเรียนชั้นสอง และไม่นิยมส่งบุตรหลานเข้าเรียนในโรงเรียนวัด เป็นเหตุให้ คณะอนุกรรมาธิการกิจการพระพุทธศาสนา ในคณะกรรมาธิการศาสนา ศิลปะและวัฒนธรรม ของสภาผู้แทนราษฎร เสนอต่อมหาเถรสมาคมเพื่อให้ออกคำสั่งแก่โรงเรียนวัดที่ใช้พื้นที่ของวัดหรือธรณีสงฆ์ที่เปลี่ยนชื่อแล้วรวมทั้งกำลังจะเปลี่ยนชื่อให้นำชื่อ วัด ใส่ไปดังเดิม ซึ่งมหาเถรสมาคมเห็นชอบตามข้อเสนอ จึงได้ออกมติมหาเถรสมาคมห้ามเปลี่ยนชื่อโรงเรียนโดยตัดคำว่าวัดออกส่วนโรงเรียนที่เปลี่ยนชื่อไปแล้วให้เปลี่ยนกลับใช้ชื่อเดิม ทั้งนี้ให้ยกเว้นโรงเรียนที่ใช้ชื่อพระราชทาน ส่วนโรงเรียนใดไม่ปฏิบัติตามจะห้ามใช้พื้นที่ของวัด ตลอดจนที่ธรณีสงฆ์อื่นๆ นอกจากคำสั่งเรื่องการเปลี่ยนชื่อแล้วยังได้ให้สถาบันการศึกษาหรือโรงเรียนวัดร่วมมือกับทางวัดในการพัฒนาโรงเรียน[3]

ปี พ.ศ. 2554 มหาเถรสมาคมได้ออกมติเกี่ยวกับโรงเรียนวัด โดยไม่อนุญาตให้นักเรียนหญิงมุสลิมแต่งกายโดยคลุมฮิญาบมาโรงเรียนวัด ทั้งนี้เพื่อปฏิบัติตามขนบธรรมเนียม จารีตประเพณี วิถีไทย และวิถีพุทธ และกฎระเบียบของวัด ซึ่งกรณีดังกล่าวเกิดขึ้นกับโรงเรียนวัดหนองจอก ซึ่งได้มีมติออกมาดังนี้

1. โรงเรียนหรือหน่วยราชการใดที่ตั้งอยู่ในพื้นที่ของวัดหรือที่ธรณีสงฆ์ การใช้พื้นที่ต้องปฏิบัติตามขนบธรรมเนียม จารีตประเพณี วิถีไทย และวิถีพุทธ และกฎระเบียบของวัด
2. ให้คณะสงฆ์มีส่วนร่วมในการพิจารณาการแต่งตั้งผู้บริหารของโรงเรียนหรือหน่วยราชการที่ตั้งอยู่ในพื้นที่ของวัดหรือที่ธรณีสงฆ์
3. ควรให้พระสงฆ์เข้าไปมีบทบาทในการกำหนดหลักสูตรการเรียนการสอนวิชาพระพุทธศาสนา หลักคุณธรรมจริยธรรมทุกระดับชั้น
4. โรงเรียนหรือหน่วยราชการใดขอใช้พื้นที่ของวัดหรือที่ธรณีสงฆ์ จักต้องหารือและได้รับความยินยอมจากเจ้าอาวาส และคณะสงฆ์ผู้ปกครองทุกระดับ จนถึงเจ้าคณะจังหวัดก่อน