พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวพระปิยะมหาราช รัชกาลที่ ๕ ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระบรมราชานุญาตให้จัดตั้ง วิทยาลัย ขึ้นในวัดบวรนิเวศวิหารพระราชทานนามว่า มหามกุฏราชวิทยาลัยในปีพุทธศักราช ๒๔๓๖ (ร.ศ. ๑๑๒) เพื่อให้เป็นที่ศึกษาเล่าเรียนพระปริยัติธรรมของพระภิกษุสามเณรในคณะธรรมยุตินิกาย ตามพระดำริของ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรสผู้ครองวัดบวรนิเวศวิหารในขณะนั้น โดยแบ่งเป็น ๒ แผนกคือส่วนวิทยาลัยใช้เป็นที่เล่าเรียนพระปริยัติธรรมชั้นสูง และจัดตั้งโรงเรียนตามพระอารามเป็นสาขาหนึ่งของวิทยาลัยนี้

โรงเรียนวัดบวรนิเวศเป็นส่วนหนึ่งของมหามกุฏราชวิทยาลัย โดยมีพระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นวชิรญาณวโรรส ทรงเป็นผู้จัดการพระองค์แรก ต่อมาการเรียนการสอนในโรงเรียน ได้ขยายตัวกว้างขวางออกไปตามลำดับ ในปีพุทธศักราช 2442 (ร.ศ.๑๑๗) พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระราชประสงค์ให้ขยายการศึกษาให้แพร่หลายไปทั่วประเทศ จึงโปรดเกล้าฯ ให้นำหลักสูตรและวิธีการสอนที่ใช้ในโรงเรียนวัดบวรนิเวศ ไปใช้สอนตามโรงเรียน ต่างๆ ทั่วประเทศ จึงถือได้ว่าโรงเรียนวัดบวรนิเวศเป็นโรงเรียนสาธิตในการใช้หลักสูตร เป็นแห่งแรกของประเทศไทย

ต่อมาพระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นวชิรญาณวโรรสได้ทรงประทานที่ดินประมาณ ๐-๐-๘๐ ไร่ ที่ตั้ง ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม เพื่อจัดสร้างโรงเรียน โดยได้ประกาศจัดตั้งเมื่อวันที่ 26 มีนาคม 2522 โดยใช้ชื่อว่า "โรงเรียนบวรนิเวศพิทยา" ต่อมาเมื่อวันที่ ๑๐ สิงหาคม ๒๕๒๔ กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น "โรงเรียนบวรนิเวศศาลายา" นับตั้งแต่ประกาศตั้งโรงเรียนจนถึงปี พ.ศ. ๒๕๒๕ ยังมิได้เปิดรับนักเรียนเนื่องจากมีปัญหาในเรื่องที่ดินและสิ่งก่อสร้าง จนกระทั่งวันที่ ๑๖เมษายน ๒๕๒๕ คณะรัฐบาลกำหนดให้เป็นปีเฉลิมฉลองกรุงรัตนโกสินทร์ครบ ๒๐๐ ปี และได้กำหนดให้โรงเรียนแห่งนี้เป็นอนุสรณ์การสมโภชกรุงรัตนโกสินทร์ด้วยโรงเรียนหนึ่ง จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็นครั้งที่ ๓ ว่า "โรงเรียนรัตนโกสินทร์สมโภชบวรนิเวศศาลายา ในพระสังฆราชูปถัมภ์" และให้เปิดรับนักเรียนระดับมัธยมศึกษา กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นายอนันต์ คงถาวร ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนวัดบวรนิเวศมารักษาการในตำแหน่งครูใหญ่

พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตั้งลูกเสือขึ้น เมื่อวันที่ ๑ กรกฎาคม ๒๔๕๔ ตามระเบียบปกครองลูกเสือของชาติ โดยเมื่อเดือนพฤศจิกายน ๒๔๕๔ กองลูกเสือโรงเรียนวัดบวรนิเวศตั้งขึ้นในมณฑลกรุงเทพมหานคร เป็นกองร้อยที่ ๗

พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ จัดสร้างตึกมนุษยนาควิทยาทาน เพื่อเป็นที่ระลึกให้แก่ พระเจ้าน้องยาเธอกรมหมื่นวชิรญาณวโรรส ๒ สิงหาคม พ.ศ. ๒๔๖๗ โดยหลวงสาโรชรัตนนิมานก์ เป็นสถาปนิก โดยตึกมนุษยนาควิทยาทาน ใช้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนของนักเรียนโรงเรียนวัดบวรนิเวศ และโรงเรียนฝึกหัดครูวัดบวรนิเวศ