โรงเรียนวัดประยุรวงศาวาส ได้รับที่ดินจากวัดประยุรวงศาวาส จำนวน 1 ไร่ 2 งาน 50 ตารางวา และเริ่มสร้างโรงเรียนเมื่อปี พ.ศ. 2504 อาคารในภายแรกเป็นอาคารตึก 3 ชั้น แบบพิเศษ 11 ห้องเรียน ในปีเดียวกันได้รับงบประมาณก่อสร้างเพิ่มอีก 6 ห้อง และเปิดรับนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5-7

พ.ศ. 2505 ได้รับงบประมาณต่อเติมอาคารให้เป็นรูปตัว U จำนวน 23 ห้องเรียน และทำพิธีเปิดอย่างเป็นทางการในวันที่18 สิงหาคมปีเดียวกัน โดยมีหม่อมหลวงปิ่น มาลากุล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการในขณะนั้น เป็นประธานในพิธี

พ.ศ. 2549 ได้รับการประเมินเป็นโรงเรียนต้นแบบ 1 อำเภอ 1 โรงเรียนในฝันพ.ศ. 2555 ได้รับการประเมินเป็นสถานพอเพียง