ในสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีพระราชปรารภให้จัดตั้งโรงเรียนขึ้นหลายแห่ง แต่ส่วนใหญ่จะเป็นโรงเรียนสำหรับราชนิกูลหรือบุตรหลานของข้าราชการ พระองค์จึงได้โปรดฯ ให้พระเจ้าน้องยาเธอ พระองค์เจ้าดิศวรกุมาร ตั้งโรงเรียนหลวงขึ้น เพื่อให้บุตรหลานของเหล่าราษฎรได้เล่าเรียนขึ้นในปี พ.ศ. 2427 โรงเรียนหลวง สำหรับให้เหล่าราษฎรได้เล่าเรียนแห่งแรก จัดตั้งขึ้นในวัดมหรรณพาราม ตั้งอยู่ในวัด ก็เพราะอาศัยที่วัดหรือศาลาวัดทั้งนี้เพื่อเป็นการประหยัดงบประมาณแผ่นดิน ประเพณีของคนไทยก็ให้บุตรหลานเข้าเรียนหนังสือในวัดมาช้านานแล้ว

เมื่อจัดตั้งโรงเรียนสำหรับราษฎรแห่งแรก ปรากฏข่าวลือว่าทางการต้องการเด็กไปเป็นทหารทำให้เกิดความหวาดกลัวในหมู่ราษฎรจนไม่กล้าส่งบุตรหลานเข้าเรียนหนังสือในโรงเรียน ข่าวลือดังกล่าวทำให้พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวต้องมีพระบรมราชโองการว่าไม่เป็นความจริง ซึ่งหากทางราชการต้องการทหารก็ไม่จำเป็นต้องจัดตั้งโรงเรียนขึ้นมาเพราะสามารถคัดเอาคนมาเป็นทหารได้อยู่แล้ว[1]

โรงเรียนวัดมหรรณพ์สถานที่เรียนเดิมนั้นให้หอสวดมนต์ คณะ 1 ของวัดเป็นที่เรียน ต่อมาย้ายไปอาคารข้างหอระฆังด้านข้างของอุโบสถ อาคารนี้ได้ทรุดโทรมลง พระวิสุทธิโสภณ (โพธิ) เจ้าอาวาสในขณะนั้นได้ย้ายไปยังด้านหน้าพระวิหารทางทิศใต้ของศาลาการเปรียญเป็นอาคารแบบชั้นเดียวยกพื้นขึ้น หลังคามุงด้วยสังกะสี

วันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2480 จังหวัดพระนครได้โอนให้อยู่ในสังกัดเทศบาลนครบาล นครกรุงเทพ และได้ทำการเปลี่ยนชื่อเป็น โรงเรียนเทศบาล 22 (วัดมหรรณพ์)

ปี พ.ศ. 2483 ทำการสร้างอาคารเรียนใหม่โดยรื้ออาคารเก่าออกและขยายเป็นโรงเรียนขนาดกลาง มีทั้งหมด 8 ห้องเรียน

ปี พ.ศ. 2507 ทางเทศบาลนครกรุงเทพให้รื้ออาคารเก่าและสร้างใหม่ ใช้มาจนปัจจุบัน

ปี พ.ศ. 2517 ขยายอาคาร 3 ชั้น ไปทางด้านทิศตะวันออก

ปี พ.ศ. 2526 ขยายอาคาร 3 ชั้น ไปทางด้านทิศตะวันตก เป็นแบบที่เห็นในปัจจุบัน[2]

ปี พ.ศ. 2556 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงรับโรงเรียนวัดมหรรณพ์ อยู่ในพระราชูปถัมภ์ฯ และทรงมีกระแสรับสั่งให้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนวัดมหรรณพ์ เป็น “โรงเรียนวัดมหรรณพาราม” ตามเดิมวันที่ ๕ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๕๖ ได้มีประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่องการแบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและการกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร (ฉบับที่ ๘๔) เพื่อประกาศเปลี่ยนชื่อโรงเรียนจากเดิม โรงเรียนวัดมหรรณพ์ เป็น “โรงเรียนวัดมหรรณพาราม”