ตอนเปิดสอนครั้งแรกใช้ศาลาการเปรียญของวัดเป็นอาคารเรียน แต่ไม่มีบันทึกไว้ว่าเริ่มต้นเมื่อใด ต่อมามีการพบหลักฐานที่บันทึกในสมุดจดหมายเหตุรายวัน พ.ศ. 2441 จึงมีการถือว่าปีนี้เป็นปีเริ่มต้น เดิมมีอาคารเรียนเป็นไม้จำนวน 4 หลังคือ เรือนหลังเตี้ย, เรือนศรียาภัย, เรือนพงษ์พวงและบุตรอุทิศ, และเรือนประพฤทธิ์

ในช่วงแรกมีชื่อว่า โรงเรียนประถมอนุกรมวิทยาคาร เปิดสอนระดับประถมศึกษา ต่อมาเลิกสอนระดับประถมศึกษา แต่สอนระดับมัธยมศึกษาแทน และได้เปลี่ยนชื่อเป็น โรงเรียนมัธยมวัดสระเกศ ภายหลังจึงกลายเป็น โรงเรียนวัดสระเกศ ถึงปัจจุบัน