โรงเรียนวัดแหลมฉบัง ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2472 โดยความร่วมมือระหว่างชาวบ้านและท่านเจ้าอาวาส พระอธิการลำดวน สุโข วัดแหลมฉบัง (เก่า) ในขณะนั้นโดยสร้างเป็นอาคารเรียนชั่วคราวในบริเวณวัด เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4

ต่อมาในปี พ.ศ. 2483 ได้รับจัดสรรงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรี สร้างอาคารเรียน แบบ ป.1 ข.ใต้ถุนสูง จำนวน 4 ห้องเรียน และปี พ.ศ. 2510 ทางโรงเรียนได้รับจัดสรรอาคารเรียน แบบ 064 จำนวน 5 ห้องเรียน เนื่องจากโรงเรียนเปิดการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 (การศึกษาภาคบังคับ)

ในปี พ.ศ. 2535 ทางราชการได้มีพระราชบัญญัติเวนคืนอสังหาริมทรัพย์ (ที่ดินบริเวณวัด โรงเรียน และหมู่บ้านแหลมฉบัง) เพื่อทำท่าเรือพาณิชย์ (ท่าเรือแหลมฉบัง สังกัด การท่าเรือแห่งประเทศไทย) พร้อมชดเชยงบประมาณค่าทดแทนค่าที่ดินและสิ่งก่อสร้างอาคารเรียนในที่แห่งใหม่ เป็นอาคารคอนกรีต 3 ชั้น แบบ 2/2528 จำนวน 18 ห้องเรียน (ในเขตวัดแหลมฉบัง"แหลมฉบังใหม่") แต่ชาวบ้านแหลมฉบังไม่ยอมย้ายบุตรหลานไปเรียนในที่แห่งใหม่ และขอต่อรองกับทางราชการ เพื่อจะอยู่ในพื้นที่และที่ดินทำกินเดิมไปก่อน จนกว่าทางราชการจะใช้ประโยชน์ในที่ดินดังกล่าวจริงทำให้โรงเรียนวัดแหลมฉบังเดิมต้องเปิดทำการเรียนการสอนต่อเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน