โรงเรียน จุฬาภรณราชวิทยาลัย เป็นโรงเรียนที่กระทรวงศึกษาธิการ จัดตั้งขึ้นเพื่อ เฉลิมพระเกียรติเนื่องในวโรกาสที่สมเด็จพระเจ้าน้องนางเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ฯ กรมพระศรีสวางควัฒน วรขัตติยราชนารี ทรงเจริญพระชนมายุครบ 3 รอบ ในวันที่ 4 กรกฎาคม 2536 ด้วยสำนึกในพระกรุณาธิคุณ ที่ทรงมีต่องานด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม และเพื่อสนองตามพระราชประสงค์ที่ทรงมุ่งมั่นส่งเสริมคุณภาพชีวิตในด้านความ เป็นอยู่และการศึกษาของประชาชน โดยเฉพาะในท้องถิ่นห่างไกล โดยให้โอกาส แก่เยาวชนที่มีความสนใจและมีความสามารถทางด้าน วิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและ สิ่งแวดล้อม ได้ฝึกฝนความรู้ความสามารถด้านนี้เป็นพิเศษตั้งแต่เยาว์วัย ทั้งนี้ได้ จัดตั้งโรงเรียนจำนวน12 แห่ง ในทุกเขตการศึกษาโดยได้รับพระราชทาน นามว่า โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ต่อท้ายด้วยชื่อจังหวัดที่เป็นสถานที่ตั้งของโรงเรียน และใช้นามภาษาอังกฤษว่า “Princess Chulabhorn’ s College ” พร้อมทั้ง พระราชทานแผ่นศิลาฤกษ์โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ดำเนินการ จัดพิธีวาง ศิลาฤกษ์พร้อมกันทั่วประเทศ เมื่อวันที่ 17 มกราคม 2539 โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย มุกดาหารได้รับการประกาศจัดตั้งขึ้น เมื่อ วันที่ 4 เมษายน 2537 มีที่ตั้ง โรงเรียนอยู่ที่บ้านหนองหอย ตำบลบางทรายใหญ่ อำเภอเมืองมุกดาหาร จังหวัด มุกดาหาร บนที่ดินสาธารณ- ประโยชน์ที่สภาตำบลบางทรายใหญ่และชุมชน บ้านหนองหอย มอบให้จำนวน 79 ไร่ และประชาชนบริจาคเพิ่มเติมจำนวน 13 ไร่ รวมพื้น ที่ทั้งหมดเป็น 92ไร่หลังจากประกาศจัดตั้งโรงเรียนสำนักงานสามัญศึกษา จังหวัดมุกดาหาร แต่งตั้ง นายยงยุทธ สายคง ผู้อำนวยการโรงเรียน นวมินทราชู ทิศ อีสาน ปฏิบัติหน้าที่ผู้บริหารโรงเรียนคนแรก และเมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม 2537 กรมสามัญศึกษาแต่งตั้งให้ นายรุ่งโรจน์ อุ่นชัย ดำรงตำแหน่งครูใหญ่คนแรก และนายเสวก กลางประพันธ์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการคนที่ 2 ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2551 -2554 นายเสนอ กลางประพันธ์ ผู้อำนวยการคนที่ 3 ตั้งแต่ปี 2555-2556 และ นายชาตรี ประดุจชนม์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนคนปัจจุบัน

ประวัติความเป็นมาของการจัดตั้ง

กระทรวงศึกษาธิการประกาศจัดตั้งโรงเรียนจุฬาภรณราช วิทยาลัย มุกดาหาร ขึ้นเมื่อวันที่ ๔ เมษายน พ.ศ. ๒๕๓๗บนที่ดินสาธารณประโยชน์ที่สภาตำบล บางทรายใหญ่และชุมชนบ้านหนองหอยมอบให้ จำนวน ๗๙ ไร่ และประชาชนบริจาคเพิ่มเติมจำนวน ๑๓ ไร่ โรงเรียนได้รับบริจาคที่ดินจากโรงงานน้ำตาลจำนวน ๗ ไร่ รวมพื้นที่ทั้งหมดเป็น ๙๙ ไร่ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระเจ้าลูกเธอเจ้าฟ้าจุฬาภร ณวลัยลักษณ์อัครราชกุมารี มีพระชนมายุครบ ๓ รอบ และเพื่อส่งเสริมสนับสนุนให้นักเรียนระดับมัธยมศึกษาที่มีความสามารถพิเศษ ด้านคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์เทคโนโลยี และต้องการพัฒนานักเรียนให้เป็นแบบอย่างด้านคุณธรรมและจริยธรรมเป็นโรงเรียนสหศึกษา ซึ่งโรงเรียนรับนักเรียนทั้งประจำ และไปกลับ โรงเรียนเปิดทำการสอน ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๓๘

ปีการศึกษา ๒๕๕๓ เปิดหลักสูตรเป็นภาษาอังกฤษ ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และ ๔ ตามโครงการพัฒนาประเทศไทยเป็นศูนย์กลางการศึกษาในภูมิภาคอาเซียน (Education Hub) และเมื่อวันที่ ๒๕ พฤศจิกายน ๒๕๕๓ คณะรัฐมนตรีมีมติอนุมัติให้โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัยเป็นโรงเรียนวิทยา ศาสตร์ภูมิภาค (Regional science school) ๔ เมษายน ๒๕๓๗ กระทรวงศึกษาธิการ ประกาศตั้งโรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย มุกดาหาร ให้เปิดสอนระดับ ม.ต้น และ ม.ปลาย ทั้งอยู่ประจำ และไป-กลับ สำนักงานชั่วคราวอยู่ที่โรงเรียนนวมินทราชูทิศ อีสานปีการศึกษา ๒๕๓๘ รับนักเรียนรุ่นแรกในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และ ๔ ใช้โรงเรียนศึกษาพิเศษมุกดาหาร เป็นสถานที่จัดการเรียนรู้ปีการศึกษา ๒๕๓๙ ย้ายเข้ามาจัดการเรียนรู้ในสถานที่ปัจจุบันีการศึกษา ๒๕๕๑ เปิดห้องเรียนวิทยาศาสตร์ในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย และใช้หลักสูตรของโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ปีการศึกษา ๒๕๕๓ จัดการเรียนรู้ภาคภาษาอังกฤษตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ. ๒๕๕๑ ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และ ๔ ระดับละ ๑ ห้องเรียนปีการศึกษา ๒๕๕๔ จัดการเรียนรู้ตามหลักสูตรของโรงเรียนวิทยาศาสตร์ภูมิภาค พ.ศ. ๒๕๕๔ ในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๔