โรงเรียนศรีธรรมราชศึกษา ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2444 โดยคณะมิชชันนารีอเมริกันเพรศไบทีเรียนเพื่อเผยแพร่พระกิตติคุณของพระเยซูคริสต์ เมื่อเริ่มแรกได้ใช้ชื่อโรงเรียนว่า "โรงเรียนอเมริกันสกูลฟอร์บอย" หรือ "Americans School for Boys (AMC)" ตั้งอยู่ที่ตำบลคลัง อำเภอเมือง จังหวัดนครศรีธรรมราช (ปัจจุบัน คือ คริสตจักรเบธเลเฮ็ม) ในปี พ.ศ. 2452 โดยมีศาสนาจารย์อาร์ ดับดลิวโพสท์ เป็นครูใหญ่ ต่อมามิสลาริยา เจ คูเปอร์ รับหน้าที่ต่อ ในปี พ.ศ. 2458 ได้มีการย้ายเด็กหญิงซึ่งแต่เดิมได้รับมาเรียนรวมกับเด็กชาย มาตั้งที่ตำบลปากพูน (ปัจจุบัน คือ ตำบลท่าวัง ซึ่งเป็นที่ตั้งของแผนกอนุบาลในปัจจุบัน) โดยใช้ชื่อโรงเรียนว่า "โรงเรียนศึกษากุมารี" โดยมิสมิลเลอร์ เป็นครูใหญ่ และมิสเฮเลนแมกเคกก์ได้รับหน้าที่ต่อมา

• พ.ศ. 2461 ศาสนาจารย์เอคเคิ้ลส์ และศาสนาจารย์เอฟ แอล สไนเตอร์ได้ผลัดเปลี่ยนกันจัดการดูแลโรงเรียนอเมริกัน หลังจากนั้นมิซซิส เฮเลน แมกเคกก์ ได้รับหน้าที่ต่อ จนกระทั่งถึงปี พ.ศ. 2473 ครูพลอด ณ นคร ก็ได้รับหน้าที่เป็นครูใหญ่

• พ.ศ. 2484 โรงเรียนอเมริกันก็ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "โรงเรียนศรีธรรมราชวิทยา" ได้ย้าย นักเรียนมัธยมศึกษามาตั้งในสถานที่ใหม่ คือที่ตำบลปากพูน (โรงเรียนศรีธรรมราชศึกษา แผนกประถมศึกษา - มัธยมศึกษา ในปัจจุบัน) ซึ่งเป็นที่ดินของสมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ ได้ประทานแก่มิชชันนารี ส่วนนักเรียนประถมศึกษายังอยู่ที่เดิมจนกระทั่งอาคารเรียนก่อสร้างเสร็จ จึงได้ย้ายนักเรียนประถมศึกษาไปอยู่ด้วยกัน

• พ.ศ. 2498 โรงเรียนศรีธรรมราชวิทยา ได้รับการรับรองวิทยฐานะจากกระทรวง ศึกษาธิการให้เทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาล

• พ.ศ. 2510 มูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย ซึ่งเป็นผู้รับมอบกิจการโรงเรียนทั้งสองต่อจากคณะมิชชั่นนารีได้พิจารณารวมโรงเรียนศึกษากุมารีกับโรงเรียนศรีธรรมราชวิทยาเป็น "โรงเรียนศรีธรรมราชศึกษา" จนกระทั่งปัจจุบัน

• พ.ศ. 2554 ได้แยกแผนก English Program มาตั้งอยู่ที่ เลขที่ 110/14 ถนนอ้อมค่ายวชิราวุธ หมู่ที่ 5 ตำบลปากพูน อำเภอเมือง จังหวัดนครศรีธรรมราช ซึ่งเดิมเคยเป็นที่ตั้งของโรงเรียนพาณิชยการคณะพล (เค.ซี.ซี)

• พ.ศ. 2556 โรงเรียนศรีธรรมราชศึกษา ได้รับการอนุมัติจากมูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทยได้ดำเนินการจัดซื้อโรงเรียนปกรณ์พิทยา อำเภอพุนพิน จังหวัดสุราษฎร์ธานี เพื่อทำการขยายกิจการทางการศึกษาของโรงเรียนศรีธรรมราชศึกษา ในการดำเนินการจัดการเรียนการสอน และเป็นการขยายอาณาจักรในการประกาศพระกิตติคุณขององค์พระเยซูคริสต์ และเมื่อ พ.ศ. 2559 ได้มีการยื่นเปลี่ยนแปลงตราสารของโรงเรียน จึงได้มีการเปลี่ยนชื่อโรงเรียนปกรณ์พิทยา เป็น "โรงเรียนศรีธรรมราชศึกษา สุราษฎร์ธานี"