โรงเรียนสิริรัตนาธร เดิมมีชื่อว่า โรงเรียนยาสูบวิทยานุเคราะห์ เป็นโรงเรียนเอกชนที่ก่อตั้งโดย โรงงานยาสูบ กระทรวงการคลัง โดยมีวัตถุประสงค์ในการจัดตั้งเพื่ออำนวยความสะดวกและเป็นสวัสดิการทางการศึกษาแก่บุตรหลานของพนักงานโรงงานยาสูบ ที่มีบ้านพักอาศัยอยู่ในหมู่บ้าน ซึ่งเป็นที่จัดสรรของโรงงานยาสูบ ซอยอุดมสุข 30 ถนนอุดมสุข แขวงบางนาเหนือ เขตบางนา กรุงเทพมหานคร

• 10 เมษายน พ.ศ. 2503 ได้อนุมัติให้จัดตั้งขึ้น บนเนื้อที่ 11 ไร่ 1 งาน 65 ตารางวา

• 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2503 เปิดทำการสอน ในระยะแรกเปิดสอนในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 - ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4
• ปีการศึกษา 2513 ขยายการศึกษาการสอนถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3
• 1 ตุลาคม พ.ศ. 2527 ได้มอบโอนโรงเรียนให้กับกระทรวงศึกษาธิการเพื่อเปิดเป็นโรงเรียนรัฐบาล ระดับมัธยมศึกษา กรมสามัญศึกษา เปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1
• ปีการศึกษา 2532 เริ่มตัดชั้นประถมศึกษาออก ปีละระดับชั้น จนหมดชั้นประถมศึกษาและมีการเรียนการสอนระดับชั้นมัธยมศึกษา 1 จนถึงระดับ ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6

• 4 เมษายน พ.ศ. 2537 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามโรงเรียนใหม่ว่า "โรงเรียนสิริรัตนาธร " อันมีความหมายว่า โรงเรียนที่ทรงไว้ซึ่งความรุ่งเรืองเป็นมิ่งมงคล
• ปีการศึกษา 2553 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามอาคารเรียนหลังใหม่ว่า "อาคารสิริรัตนาคาร "