โรงเรียนสุคนธีรวิทย์ จัดตั้งเป็นโรงเรียนเมื่อวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2545 และตั้งชื่อโรงเรียนว่า " โรงเรียนเสริมสิทธิ์วิทยา " โดยมีนางสาวปิยะวรรณ   จันทร์สมบูรณ์ เป็นผู้รับใบอนุญาต ในปีการศึกษา 2545 จนถึงปีการศึกษา 2548 และปัจจุบันผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.ปรางศรี   พณิชยกุล เป็นผู้รับใบอนุญาต เปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6

ในปี 2551 โรงเรียนสุคนธีร์วิทย์ได้เปิดการสอน ระดับชั้นอนุบาล 1 – 3 ประถมศึกษาปีที่ 1 – 6 มัธยมศึกษาปีที่ 1 – 3 มัธยมศึกษาปีที่ 4 – 6 (เฉพาะแผนการเรียนวิทยาศาสตร์ – คณิตศาสตร์)

ในปี 2552 โรงเรียนได้ย้ายไปอยู่ที่แห่งใหม่ เป็นอาคารเรียน 7 ชั้น โดยพระครูสุนทรสิทธิการ (สุคนธ์ สุคนฺธธโร; ปัจจุบันเป็นพระราชาคณะชั้นสามัญที่ พระพุทธพยากรณ์) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดราชสิทธาราม ได้อนุญาตให้สร้างโรงเรียนแห่งนี้บนพื้นที่ดินซึ่งเป็นที่ดินของท่านเพื่อใช้ประโยชน์ในการศึกษา โรงเรียนได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น โรงเรียนสุคนธีรวิทย์ โดยมีสมเด็จพระพุฒาจารย์ เป็นประธานประกอบพิธีเปิดป้ายชื่อโรงเรียน เมื่อวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2552 :D