กรมสามัญศึกษาได้อนุมัติให้โรงเรียนสุราษฎร์ธานีเปิดสาขาขึ้นที่ หมู่ที่ 5 ตำบลมะขามเตี้ย อำเภอเมือง จังหวัดสุราษฎร์ธานี โดยใช้ชื่อในขณะนั้นว่า “โรงเรียนสุราษฎร์ธานีสาขาท่าเพชร” โดยใช้ที่ดินที่ซื้อไว้เพื่อใช้ในการเรียนวิชาเกษตรกรรมของโรงเรียนสุราษฎร์ธานี ในวันที่ 9 พฤษภาคม 2537

การรับนักเรียนรุ่นที่ 1 ทางโรงเรียนเปิดรับนักเรียนในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 จำนวน 2 101 คน แยกออกเป็น 2 ห้องเรียน โดยมี นายอภินันท์ พาหะมาก ผู้อำนวยการโรงเรียนสุราษฎร์ธานีในขณะนั้นปฏิบัติหน้าที่เป็นผู้บริหาร และนายอภินันท์ พาหะมาก ได้มอบหมายให้ นายสุวิทย์ เทโหปการ อาจารย์ 2 ระดับ 7 โรงเรียนสุราษฎร์ธานีเป็นผู้ดูแล

การจัดการเรียนการสอนในช่วงแรกได้ใช้ครูโรงเรียนสุราษฎร์ธานีมาปฏิบัติการสอน การวัดผล การประเมินผล และการจัดกิจกรรมต่างๆ ร่วมกับนักเรียนของโรงเรียนสุราษฎร์ธานี

ดำเนินการรับนักเรียน ม.1 รุ่นที่ 2 ของโรงเรียน ประจำปีการศึกษา 2538 จำนวน 155 คน มีครู - อาจารย์ย้ายเข้ามาประจำที่โรงเรียนสุราษฎร์ธานี สาขาท่าเพชร จำนวน 10 คน ฯพณฯสุขวิช รังสิตพลรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการในขณะนั้น ได้มีประกาศจัดตั้งโรงเรียนสุราษฎร์ธานีสาขาท่าเพชรเป็น “โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2” สังกัดกรมสามัญศึกษา เป็นลำดับที่ 44 ของจังหวัดสุราษฎร์ธานี ในวันที่ 30 เมษายน 2539 และให้ นายสาธร ลิกขะไชย ผู้อำนวยการโรงเรียนสุราษฎร์ธานีในขณะนั้นปฏิบัติหน้าที่ผู้บริหาร และได้มอบหมายให้ นายสุวิทย์ เทโหปการ เป็นผู้ดูแลเช่นเดิม

โรงเรียนได้ดำเนินรับนักเรียนเข้า ม.1 ประจำปีการศึกษา 2539 ทั้งสิ้น 199 คน กรมสามัญศึกษาจึงได้จัดสรรงบประมาณให้สร้างอาคารเรียนเบ็ดเสร็จ แบบ ก. ข. และ ค. ด้วยงบประมาณ 9,834,000 บาท ทั้งนี้ยังมีสนามบาสเกตบอล ห้องน้ำ บ้านพักครู และบ้านพักภารโรง อย่างละ 1 หลัง

กรมสามัญศึกษา ได้แต่งตั้งให้ นายวิรัช เศวตศิลป์ ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนสุราษฎร์ธานีในขณะนั้น ให้ปฏิบัติหน้าที่ครูใหญ่โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 ในวันที่ 16 ตุลาคม 2539

นายวิรัช เศวตศิลป์ ครูใหญ่โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 ได้นำคณะครู อาจารย์ เข้าเฝ้าสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปรินายก เพื่อให้สมเด็จพระสังฆราช ทรงเบิกพระเนตรพระพุทธรูปประจำโรงเรียน พร้อมพระราชทานนามพระพุทธรูปประจำโรงเรียนว่า “พระพุทธบารมีสุราษฎร์ธานีพิพัฒน์” ในวันที่ 23 มีนาคม 2540

โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 ได้มีหนังสือกราบทูลสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปรินายก เพื่อขอพระราชทานนามอาคาร ก ซึ่งเป็นอาคารหลังแรกของโรงเรียนว่า “อาคารสมเด็จพระญาณสังวร ๘๔” และพระราชทานอนุญาตให้ใช้ตรา “ญสส” ซึ่งเป็นตราประจำพระองค์ ให้ใช้เป็นสัญลักษณ์ประจำโรงเรียน และเข็มติดหน้าอกเสื้อเครื่องแบบของนักเรียน

กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นายวิรัช เศวตศิลป์ ครูใหญ่โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 ปฏิบัติหน้าที่อาจารย์ใหญ่โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 ในวันที่ 31 ธันวาคม 2540

ชมรมสังสรรค์สามัคคีสุราษฎร์ธานี (3ส) ได้มอบเสาธงให้แก่โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 ในวันที่ 6 พฤศจิกายน 2541 ค่าก่อสร้าง 116,073 บาท

ต่อมากรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นายวิรัช เศวตศิลป์ อาจารย์ใหญ่โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 ปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 ในวันที่ 30 ธันวาคม 2542

กรมสามัญศึกษา ได้จัดสรรงบประมาณให้โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 สร้างอาคารเรียนแบบ 342 (ล)/41 (หลังคาทรงไทย) 1 หลัง งบประมาณ 19,837,000 บาท เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2543

กรมสามัญศึกษาได้จัดสรรงบประมาณให้โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 สร้างหอประชุม/โรงอาหาร (อาคารสมเด็จฯ 91) งบประมาณ 7,194,000 ในปี พ.ศ. 2546

กระทรวงศึกษาธิการได้ ประกาศให้โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 เป็นโรงเรียนรางวัลพระราชทาน ขนาดใหญ่ ระดับประเทศ ในปี พ.ศ. 2546

กรมสามัญศึกษาได้จัดสรรงบประมาณให้โรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 สร้าง อาคารเรียนแบบ 108 ล/30 งบประมาณ 4,360,583 บาท ในปี พ.ศ. 2547

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานแต่งตั้ง นายบัญญัติ สุขขัง มาปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโรงเรียนสุราษฎร์ธานี 2 ตั้งแต่วันที่ 25 สิงหาคม 2547 จนถึงปัจจุบัน[2]