ปี พ.ศ. 2471 สมุหเทศาภิบาลมณฑลพายัพได้พิจารณาการจัดตั้งโรงเรียนสตรีประจำจังหวัดลำพูนขึ้น เนื่องจากเห็นว่าการจัดตั้งโรงเรียนแบบสหศึกษาไม่เหมาะสมกับสภาพสังคมในสมัยนั้น นอกจากนี้กระทรวงธรรมการ(กระทรวงศึกษาธิการ) ก็ไม่มีนโยบายส่งเสริมให้นักเรียนชายกับนักเรียนหญิงเรียนร่วมในโรงเรียนเดียวกัน สมุหเทศาภิบาลมณฑลพายัพจึงมีหนังสือกราบทูลมหาอำมาตย์เอกพระเจ้าวงศ์เธอพระองค์เจ้าธานีวิวัติ เสนาบดีกระทรวงธรรมการขอประทานอนุมัติแยกโรงเรียนสตรีออกมาจากโรงเรียนประจำจังหวัดลำพูนวิทยาคม เพื่อจัดตั้งเป็นโรงเรียนสำหรับเยาวสตรีเป็นการเฉพาะ ในการนี้สมุหเทศาภิบาลมลฑลพายัพได้ขออนุญาตใช้พื้นที่ราชพัสดุ เลขที่ 8281 (สรรพากร) ซึ่งตั้งอยู่ที่ถนนอัฏฐารสด้านเหนือของวัดพระธาตุหริภุญชัยวรมหาวิหารสำหรับก่อสร้างอาคารเรียนเมื่อการก่อสร้างแล้วเสร้จได้มีพิธีการทำบุญฉลองเปิดโรงเรียนอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 22 กรกฎาคม 2471 โดยมี นางคำปัน โภคะกุล เป็นผู้อำนวยการคนแรก ในปี พ.ศ. 2475 โรงเรียนชายจักรคำคณาธรได้ย้ายออกจากบ้านสันดอนรอมไปอยู่ที่บ้านหนองเส้ง โรงเรียนสตรีจังหวัดลำพูนจึงย้ายมาแทนที่ ที่บ้านสันดอนรอมแทน และใช้ชื่อว่า โรงเรียนสตรีประจำจังหวัดลำพูน "ส่วนบุญโญปถัมภ์" ต่อมา เมื่อประมาณ ปี พ.ศ. 2542 ได้มีการเปิดเป็นแบบสหศึกษา และได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น โรงเรีงเรียนส่วนบุญโญปถัมภ์ ลำพูน และถือเอาวันที่ 22 กรกฎาคม ของทุกปี เป็นวันสถาปนาโรงเรียน

โรงเรียนส่วนบุญโญปถัมภ์ เป็นโรงเรียนประจำจังหวัดลำพูน คู่กับ โรงเรียนจักรคำคณาทร เป็นสถาบันการศึกษาในระดับมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ) โดยได้รับชื่อมาจากพระนามของเจ้าจักรคำขจรศักดิ์ เจ้าผู้ครองนครลำพูนคนที่ 10 กับพระนามของแม่เจ้าส่วนบุญ ชายาเจ้าหลวงจักรคำฯ ผู้ให้การอุปถัมภ์โรงเรียนประจำจังหวัดลำพูน ทั้ง 2 แห่งมาตั้งแต่ยุคแรกเริ่มก่อตั้ง

โรงเรียนส่วนบุญโญปถัมภ์ ลำพูน ได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทานมาแล้ว 3 ครั้ง ใน พ.ศ. 2531, 2541 และ 2552