รางวัลพระราชทานสำหรับนักเรียน นักศึกษาและสถานศึกษา เกิดขึ้นจากน้ำพระทัยอันเปี่ยมด้วยเมตตาของพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ที่ทรงมีพระราชปรารภแก่รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (ม.ล. ปิ่น มาลากุล) ในปี พ.ศ. 2506 เมื่อครั้งเสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดงานแสดงศิลปหัตถกรรมนักเรียน การศึกษา 2506 ใจความของพระราชปรารภมีว่า "มีนักเรียนจำนวนมากซึ่งมีความประพฤติดีและมีความมานะพยายามศึกษาเล่าเรียนได้ผลดี รวมทั้งมีโรงเรียนซึ่งจัดการศึกษาดี จนนักเรียนได้รับการเรียนดีเป็นส่วนรวม นักเรียนและโรงเรียนที่มีคุณสมบัติดังกล่าวสมควรจะได้รับรางวัลพระราชทาน และทรงยินดีจะพระราชทานรางวัลให้" ดังนั้น กระทรวงศึกษาธิการ (โดยกรมวิชาการ) ได้รับพระราชปรารภมาพิจารณาดำเนินการด้วยความสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณเป็นล้นพ้น และถือเป็นภารกิจที่สำคัญที่ปฏิบัติสืบต่อมา เพราะนอกจากจะเป็นโอกาสอันดีในการทำกิจกรรมที่สนองพระราชปรารภของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวแล้ว รางวัลพระราชทานยังเป็นเครื่องกระตุ้นให้เกิดการพัฒนามาตรฐานคุณภาพการศึกษาของชาติให้ดียิ่งขึ้นด้วย จึงเป็นที่ตระหนักชัดว่า พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชนั้นทรงมีวิสัยทัศน์กว้างไกล ทรงเล็งเห็นความสำคัญในการส่งเสริมการศึกษาแห่งชาติ พระราชทานขวัญกำลังใจแก่นักเรียน นักศึกษาที่มีความประพฤติดี มีผลการเรียนดี ตลอดจนผู้บริหารสถานศึกษาที่จัดการศึกษาได้มาตรฐานดีเด่นด้วยการพระราชทานรางวัลให้ ซึ่งในระยะแรกทรงพระราชทานด้วยพระองค์เองจวบจนบัดนี้เป็นเวลาเกือบ 40 ปี กระทรวงศึกษาธิการดำเนินการและพัฒนางานมาโดยตลอด จนถึงปัจจุบันมีนักเรียน นักศึกษาได้รับรางวัลพระราชทานไปแล้วกว่า 3,000 คน มีสถานศึกษาที่เป็นผู้นำทางวิชาการประมาณกว่า 2,000 แห่ง

โรงเรียนอยุธยาวิทยาลัยได้สมัครเข้ารับการพิจารณาเพื่อเข้ารับรางวัลพระราชทานทั้งของนักเรียนและสถานศึกษา โดยเข้ารับคัดเลือกในระดับจังหวัดได้เป็นลำดับที่ 1 แล้วจึงเข้ารับการพิจารณาได้ระดับเขตการศึกษา และเขตตรวจราชการ โดยนำเสนอการพัฒนาระบบทั้งองค์กร 6 ประการคือ

1. มุ่งพัฒนาการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน 12 ปีให้มีคุณภาพ สอดคล้องกับพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 นโยบายปัญจปฏิรูปของ กระทรวงศึกษาธิการและยุทธศาสตร์ 10 ประการของกรมสามัญศึกษา

2. เร่งพัฒนาการจัดการกระบวนการเรียนการสอนที่เน้นนักเรียนเป็นสำคัญ มีกระบวนการคิดที่เป็นระบบ มีความคิดสร้างสรรค์ มีนิสัยรักการอ่าน และวิธีการแสวงหาความรู้ด้วยตนเองจากแหล่งเรียนรู้ต่าง ๆ

3. พัฒนาโรงเรียนให้มีบรรยากาศแห่งการเรียนรู้มีสภาพแวดล้อมที่ร่มรื่นสวยงาม น่าอยู่เพื่อให้นักเรียนมีนิสัยที่อ่อนโยน ภูมิใจและรักโรงเรียน

4. ส่งเสริม สนับสนุนให้ครู อาจารย์ ได้พัฒนาความรู้ความสามารถ สร้างสรรค์ผลงานดีเด่นตามมาตรฐานวิชาชีพครู

5. สนับสนุนให้ชุมชนองค์กรท้องถิ่น สมาคมศิษย์เก่า สมาคมผู้ปกครองฯเครือข่าย ฯลฯ ได้มีส่วนร่วมในการจัดการศึกษาของโรงเรียน

6. มุ่งเน้นการพัฒนาคุณภาพการศึกษาของโรงเรียนให้อยู่ในระดับดีเยี่ยม มีการแลกเปลี่ยนเรียนรู้เพื่อขยายผล และพัฒนาแนวทางให้เกิดเป็นระยะที่ยั่งยืน

นอกจากนี้ยังได้นำโครงการและกิจกรรมดีเด่นของโรงเรียน ได้แก่ การจัดการเรียนการสอน การพัฒนาองค์กร การจัดสิ่งแวดล้อมภายในโรงเรียน โครงการส่งเสริมแหล่งเรียนรู้ และระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียน

คณะกรรมการประเมินโรงเรียนอยุธยาวิทยาลัย

คณะกรรมการการประเมินเพื่อรับรางวัลพระราชทาน เข้ามายังโรงเรียนอยุธยาวิทยาลัย เพื่อประเมินโรงเรียนอยุธยาวิทยาลัยในทุกด้าน โดยเริ่มประเมินตั้งแต่นักเรียนเริ่มมาโรงเรียน จนถึงกลับบ้านในตอนเลิกเรียน การประเมินคณะกรรมการได้ทำการประเมินทุกรูปแบบ อาทิ ดูจากเอกสารร่องรอยของการดำเนินการ การสัมภาษณ์บุคลากรตั้งแต่ผู้อำนวยการโรงเรียน รองผู้อำนวยการโรงเรียน คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน นักเรียนเก่า ครู อาจารย์ และที่สำคัญที่สุดคือการสัมภาษณ์นักเรียน ทั้งนักเรียนที่นัดหมายหรือนักเรียนที่ได้จากการสุ่มตัวอย่างของคณะกรรมการเอง

สถานศึกษารางวัลพระราชทานและนักเรียนรางวัลพระราชทาน

โรงเรียนอยุธยาวิทยาลัยได้รับการคัดเลือกให้เข้ารับพระราชทานเกียรติบัตรรางวัลพระราชทานถึง 5 ครั้ง โดยครั้งแรกในปี พ.ศ. 2522 นายเจริญ ลัดดาพงศ์ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน ครั้งที่ 2 ในปี พ.ศ. 2537 นายจักรกฤษณ์ ธีระอรรถ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน ครั้งที่ 3 ในปี พ.ศ. 2546 นายอำนาจ ศรีชัย เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน ครั้งที่ 4 ในปี พ.ศ. 2557 นายเฉลิมศักดิ์ ภาระธัญญา เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน และครั้งที่ 5 ในปี พ.ศ. 2561 นายวรากร รื่นกมล เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน รวมถึงนักเรียนโรงเรียนอยุธยาวิทยาลัยยังได้รับเกียรติรางวัลพระราชทานถึง 6 ครั้งอีกด้วย อาทิ นายวีระ ขันธชัย, นายณัฐพล อัศวสงคราม, นายอรรถพงษ์ รักขธรรม, นายต้นตระการ ทรัพย์ภักดี