โรงเรียนอำนาจเจริญ ได้มีการจัดตั้งคณะสี เพื่อดำเนินการในกีฬาสีและเสริมสร้างความสามัคคีในหมู่คณะ โดยโรงเรียนใช้วิธีแบ่งนักเรียนมัธยมตอนต้นที่เข้าใหม่ ด้วยการแบ่งเป็นห้อง ซึ่งนักเรียนทั้งหมดใน 1 ห้องจะสังกัดคณะสีเดียวกัน โดยจะเปลี่ยนคณะสีใหม่อีกครั้งเมื่อขึ้นมัธยมตอนปลาย โดยแต่เดิมมีทั้งหมด 5 คณะสี แต่ปัจจุบันได้ปรับเปลี่ยนใหม่ในปีการศึกษา พ.ศ 2564 โดยมีทั้งหมด 4 คณะสี อันประกอบด้วย

• ██ คณะสีแดง เป็นสีประจำ กลุ่มสาระการเรียนรู้วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
• ██ คณะสีเขียว เป็นสีประจำ กลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาต่างประเทศ กลุ่มงานสนับสนุนและแนะแนว
• ██ คณะสีชมพู เป็นสีประจำ กลุ่มสาระการเรียนรู้สังคมศึกษาฯ กลุ่มสาระการเรียนรู้การงานอาชีพและเทคโนโลยี และกลุ่มสาระการเรียนรู้ศิลปะ
• ██ คณะสีม่วง เป็นสีประจำ กลุ่มสาระการเรียนรู้คณิตศาสตร์ และกลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาไทย

คณะสีในอดีต

• ██ คณะสีแดง เป็นสีประจำ กลุ่มสาระการเรียนรู้วิทยาศาสตร์
• ██ คณะสีเหลือง เป็นสีประจำ กลุ่มสาระการเรียนรู้คณิตศาสตร์ และกลุ่มสาระการเรียนรู้ศิลปะ
• ██ คณะสีเขียว เป็นสีประจำ กลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาไทย และกลุ่มสาระการเรียนรู้การงานอาชีพและเทคโนโลยี
• ██ คณะสีฟ้า เป็นสีประจำ กลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาต่างประเทศ
• ██ คณะสีชมพู เป็นสีประจำ กลุ่มสาระการเรียนรู้สังคมศึกษา ศาสนา และวัฒนธรรม