โรงเรียนอำมาตย์พานิชนุกูลประกอบไปด้วยอาคารเรียน 8 อาคารดังต่อไปนี้

• อาคาร 1 ประกอบไปด้วยที่ทำการของงานแนะแนว, ห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์, ห้องเรียน และห้องพักครู
• อาคาร 2 ประกอบไปด้วยห้องนักเรียนโครงการ 2 ภาษา, สำนักงานกิจการนักเรียน และห้องพักครู , ห้องคณิตศาสตร์ , ห้องแนะแนว
• อาคาร 3 ประกอบไปด้วยห้องเรียนกลุ่มสังคมศึกษา ได้แก่ ห้องสังคมศึกษา, ห้องอิสลาม, ห้องพระพุทธ, ห้องพยาบาล และห้องพักครู , ห้องคณิตศาสตร์
• อาคาร 4 ประกอบไปด้วยอาคารเรียนทางด้านวิทยาศาสตร์ ห้องเรียนสีเขียว และห้องพักครู ห้องปฏิบัติการฟิสิกส์ เคมี ชีวะ
• อาคาร 5 ประกอบไปด้วยห้องสืบค้นทางอินเทอร์เน็ต, ห้อง TOT, ห้องสมุด, ห้องเรียน, หอประชุม 96 ปี, สถานีวิทยุเพื่อการศึกษา 95.25 MHz
• อาคาร 6 ประกอบด้วยห้องปฏิบัติการดนตรีสากล, ห้องปฏิบัติการดนตรีไทย และเป็นที่ทำการของกลุ่มวิชาการงานอาชีพ ห้องเรียนทำอาหาร
• อาคาร 84 ปี ชั้นบนจัดเป็นหอประชุม ชั้นล่างจัดเป็นโรงอาหาร1
• อาคาร 9 อำมาตย์ฯ 100 ปี เปิดใช้อาคารวันที่ 8 กรกฎาคม 2552 ฉลอง100 ปีอำมาตย์ฯ ประกอบไปด้วยห้องนาฏศิลป์ ห้องภาษาต่างๆ ได้แก่ ภาษาจีน ภาษาญี่ปุ่น ภาษาฝรั่งเศส,ภาษาเกาหลี, ห้อง Resource Center, โรงอาหาร2
• อาคารอำมาตย์ร่วมใจ 108 ปี