ในปี พ.ศ. 2410 ศาสนาจารย์ดาเนียล แมคกิลวารีและครอบครัว เดินทางมาประกาศเผยแพร่คริสต์ศาสนาในจังหวัดเชียงใหม่ ต่อในวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2411 จึงมีการสถาปนาคริสตจักรแห่งแรกในจังหวัดเชียงใหม่ขึ้น บนพื้นที่ริมแม่น้ำปิงฝั่งตะวันออก เรียกว่า "คริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่"

ต่อมาในปี พ.ศ. 2430 ได้มีการก่อสร้างโบสถ์ของคริสตจักร เป็นสถาปัตยกรรมแบบตะวันตกแห่งแรกในจังหวัดเชียงใหม่ มีคริสเตียนผู้เลื่อมใสคือ หนานนันทา ได้ยกที่ดินมรดกให้เพื่อสร้างโบสถ์คริสตจักรเชียงใหม่ บริเวณริมฝั่งแม่น้ำปิง ทิศตะวันออก โดยมี ดร.มาเรียน เอ ชีค มิชชันนารีชาวอเมริกันซึ่งทำงานอยู่กับศาสนาจารย์ดาเนียล แมคกิลวารี เป็นผู้ออกแบบและก่อสร้าง โดยใช้งบประมาณในการก่อสร้าง 7,000 เหรียญสหรัฐ และคนท้องถิ่นสมทบอีก 1,800 บาท ดังบันทึกของ ศาสนาจารย์ดาเนียล แมคกิลวารี ที่ว่า “...ป้าก้อน ซึ่งเป็นทาสเก่าแก่ของเจ้าหลวงบริจาคเหรียญเงินหนึ่งรูปี ซึ่งเป็นเงินจำนวนแรกที่ได้รับในการสร้างโบสถ์...” หลังจากที่สร้างโบสถ์แล้วเสร็จ ได้ทำพิธีฉลอง ในวันที่ 9 สิงหาคม พ.ศ. 2434 และมีพิธีนมัสการมอบถวายพระวิหารของพระเจ้า โดยมี ศาสนาจารย์ดาเนียล แมคกิลวารี เป็นผู้เทศนา และ ดร.วิลเลียม คลิ๊ฟตัน ดอด์ เป็นผู้อธิษฐานมอบถวายโบสถ์แด่องค์พระผู้เป็นเจ้า อาคารหลังนี้จึงเป็นสถาปัตยกรรมตะวันตกแห่งแรกในจังหวัดเชียงใหม่ สร้างด้วย “ไม้สักทอง” ทั้งหลัง ศิลปกรรมโกธิค แบบอเมริกันคันทรี่สไตล์ โบสถ์โรงเรียนเชียงใหม่คริสเตียน เป็นอาคารต้นแบบในการสร้างสรรค์สถาปัตยกรรมโบสถ์คริสต์ในภาคเหนือ และชุมชนอันห่างไกลในแผ่นดินล้านนา

ต่อมาในปี พ.ศ. 2500 อาจารย์พิษณุ อรรฆภิญญ์ รักษาการแทนศิษยาภิบาล คริสจักรที่ 1 เชียงใหม่ เห็นว่าโต๊ะเก้าอี้ของคริสตจักรที่มีอยู่จำนวนมากใช้ประโยชน์เฉพาะในวันอาทิตย์ ส่วนวันอื่นๆ ไม่ได้ใช้ทำกิจกรรมใดๆ จึงมีแนวคิดที่จะตั้งโรงเรียนขึ้นในคริสตจักร แต่เนื่องจากติดปัญหาหลายประการ จึงเปลี่ยนความคิดเป็นตั้งโรงเลี้ยงเด็กของคริสตจักรแทน โดยให้อยู่ในความดูแลของคณะสตรีคริสตจักร ซึ่งมีนางบุญปั๋น สิงหเนตร เป็นประธาน

ในปี พ.ศ. 2505 คณะธรรมกิจคริสตจักรที่ 1 ได้แต่งตั้งคณะกรรมการขึ้นมาชุดหนึ่งเพื่อดำเนินการก่อตั้งโรงเรียนเพื่อรองรับเด็กเล็กจากโรงเลี้ยงเด็กของคริสตจักรที่มีอายุกรมเกณฑ์ ประกอบด้วย นายแพทย์จินดา สิงหเนตร นายศิวิไล สิงหเนตร นายคำรบ บุญศิริ นายอำนวย ทะพิงค์แก นายธวัช เบญจวรรณ นางสมทรง แก้ววรรณรัตน์ และ ศจ.เจย์ จีน จอห์นสัน โดยมีนโยบายในการจัดตั้งโรงเรียนดังนี้

1. เพื่อเป็นการถวายเกียรติยศแด่องค์พระเยซูคริสต์
2. เพื่อเป็นการช่วยเหลือนักเรียนคริสเตียนที่ยากจนขาดแคลน
3. เพื่อเป็นการเพาะผู้นำคริสเตียนสำหรับอนาคต
4. เพื่อเป็นแหล่งที่ให้การศึกษาอย่างดีที่สุดแก่ลูกหลานคริสเตียน
5. ให้โรงเรียนเลี้ยงตัวเองได้และขยายงานจนถึงขั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย
6. ควรจะรับครูที่เป็นคริสเตียน เพื่อเป็นการเผยแพร่คุณธรรมจริยธรรมของคริสเตียนและควรจะเป็นครูที่มีประสิทธิภาพ

มูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย ได้มอบหมายให้ นางเสงี่ยม ช.สิงหเนตร เป็นผู้แทนผู้รับใบอนุญาต ดำเนินการขออนุญาตจากกระทรวงศึกษาธิการ จัดตั้งโรงเรียนโดยใช้ชื่อว่า "โรงเรียนเชียงใหม่คริสเตียน" (The Chiangmai Christian School) อักษรย่อ ช.ค. สีประจำโรงเรียน คือ สีชมพู-สีขาว ในวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2505 โดยได้รับอนุญาตให้เปิดระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-4 มีนายธวัช เบญจวรรณ เป็นผู้จัดการ และนางสมทรง แก้ววรรณรัตน์ เป็นครูใหญ่ โดยใช้สถานที่ของคริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่ เป็นที่ตั้งของโรงเรียน ต่อมาสมาชิกคริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่มีจำนวนเพิ่มมากขึ้น ทำให้โบสถ์ซึ่งใช้เป็นสถานที่นมัสการพระเจ้าในวันอาทิตย์คับแคบ คณะธรรมกิจคริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่ จึงได้สร้างโบสถ์ใหม่ ณ คริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่ หลังปัจจุบัน และมีพิธีเปิดโบสถ์หลังใหม่เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2511 สำหรับโบสถ์คริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่ หลังเดิม ใช้เป็นสถานที่อบรมจริยธรรมแก่นักเรียน ที่ทำการศาสนกิจ เป็นห้องประชุมของโรงเรียนเชียงใหม่คริสเตียน และเป็นสัญลักษณ์ ของโรงเรียนจนถึงปัจจุบัน

โรงเรียนเชียงใหม่คิสเตียน ได้รับการอนุญาตให้ขยายการเรียนการสอนเพิ่มขึ้นในปี พ.ศ. 2509 จนถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 และขยายขึ้นเรื่อยมาจนถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 ในปี พ.ศ. 2514 และได้รับอนุญาตให้เปิดทำการเรียนการสอนในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ในปี พ.ศ. 2551