โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสซาเวียร์ คอนแวนต์เป็นโรงเรียนแห่งแรกที่สอนภาษาไทยและภาษาต่างประเทศในตำบลบ้านญวน อำเภอสามเสน จังหวัดพระนคร ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2468 เดิมตั้งอยู่เลขที่ 525 ถนนราชวิถี มุขนายกเรอเน แปร์รอส ได้ยกที่ดินและอาคารสองชั้น ให้เป็นโรงเรียนชั่วคราว ตามความประสงค์ของบาทหลวงบรัวซาต์ (Broizat) อธิการโบสถ์บ้านญวน สามเสน ที่จะให้คณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร เข้ามาจัดการศึกษาให้เด็กหญิง ในชุมชนเขตวัดสามเสน และชุมชนใกล้เคียง โดยมีซิสเตอร์เดซิเร ดำรงตำแหน่งอธิการิณี และนักบวชอีก 4 คน เป็นผู้รับรองหนังสือ ในปีแรกที่เปิดสอนมีนักเรียน 59 คน ปัจจุบันตั้งอยู่เลขที่ 92 ซอยมิตรคาม ถนนสามเสน แขวงวชิรพยาบาล เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร บนเนื้อที่ 5 ไร่ 59 ตารางวา

หลักสูตรที่เปิดสอนครั้งแรกเป็นหลักสูตรภาษาอังกฤษ และภาษาฝรั่งเศส ซึ่งมีคณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร เป็นผู้จัด โดยที่นักเรียนสามารถเลือกเรียนได้ตามความถนัดและความสนใจ วิชาบังคับคือ วิชา ภาษาไทย ดนตรี วาดเขียน และงานเย็บปักถักร้อย

นอกจากการจัดการศึกษาดังกล่าว คณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ต ยังให้การอบรมด้านศีลธรรม จริยธรรม และการดำเนินชีวิตแก่นักเรียนทุกคนที่เข้ารับการศึกษาในโรงเรียน เพื่อให้เป็นไปตามเจตนารมณ์ที่เน้นเรื่องความซื่อสัตย์ ความเรียบง่าย และการทำงาน การสอนแบ่งออกเป็นชั้นมูล ชั้นเตรียม ชั้นประถมปีที่หนึ่งถึงชั้นประถมปีที่สี่ ชั้นมัธยมปีที่หนึ่งถึงชั้นมัธยมปีที่หก ซึ่งเป็นชั้นสูงสุดของโรงเรียน ในปีการศึกษา พ.ศ. 2473 นักเรียนที่จบชั้นมัธยมศึกษาปีที่หกรุ่นแรกต้องสอบข้อสอบของกระทรวงธรรมการ ปี พ.ศ. 2470 โรงเรียนได้ปรับโครงสร้างหลักสูตรให้เป็นแนวเดียวกับโครงสร้างหลักสูตรที่กระทรวงศึกษาธิการกำหนด และได้รับการรับรองวิทยฐานะในปี พ.ศ. 2489

สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ ในพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช เสด็จมาทรงเปิดตึกมิตราคมเมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2516 ทรงเปิดงานฉลองครบ 50 ปีของโรงเรียนเมื่อวันที่ 22 พฤศจิกายน พ.ศ. 2518 และทรงเปิดอาคารอุดมวิทย์เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2522

ปัจจุบันโรงเรียนเซนต์ฟรังซีสซาเวียร์ เป็นโรงเรียนประเภทสามัญศึกษาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการศึกษาเอกชน เปิดสอนตั้งแต่ระดับก่อนประถมศึกษา ถึงระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย รับเฉพาะนักเรียนหญิง ดำเนินกิจการในรูปแบบมูลนิธิ ส่งเสริมการศึกษาคณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตแห่งประเทศไทย โดยมีซิสเตอร์ดอมินิก กิจเจริญ เป็นผู้รับใบอนุญาต ซิสเตอร์มารีโนเอล ผิวเกลี้ยง เป็นผู้จัดการ/อาจารย์ใหญ่ มีบุคลากรครู 160 คน ปฏิบัติการสอน 139 คน สนับสนุนการสอน 21 คน ปฏิบัติการสอนและช่วยงานบริหาร 25 คน นักการภารโรง 30 คน นักเรียนทั้งหมด 3,021 คน