โรงเรียนเซนต์โยเซฟคอนเวนต์ ได้รับพระราชทานรางวัลจัดการศึกษาดีเด่นระดับชาติ 4 คือ

• รางวัลพระราชทานจัดการศึกษาดี ทั้งประเภทประถมศึกษาและมัธยมศึกษา จากพระหัตถ์พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ประจำปีการศึกษา 2511,2513 และ 2515 และในปีการศึกษา 2511 นักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 7 ของโรงเรียนได้รับพระราชาทานรางวัลเรียนดีอันดับสามของประเทศ
• รางวัลพระราชทานระดับมัธยมศึกษา ประจำปีการศึกษา 2529
• รางวัลพระราชทานระดับประถมศึกษา ประจำปีการศึกษา 2537 และในปีเดียวกันได้รับรางวัลโรงเรียนดีเด่น ระดับประถมศึกษา
• รางวัลพระราชทานการจัดห้องสมุดดีเด่นระดับมัธยมศึกษาประจำปี พ.ศ. 2532 และ 2542
• รางวัลสถานศึกษาที่จัดจริยศึกษาดีเด่น ประจำปีการศึกษา 2541 จากสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก