• มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง

ในยุคก่อตั้งสถานศึกษาได้ระยะเวลาสามปี ได้มีโครงการความร่วมมือในการใช้สถานที่โรงเรียนเพื่อจัดเป็นที่ทำการและการเรียนการสอนชั่วคราวของ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จนทางมหาวิทยาลัยได้จัดสร้างอาคารเรียนของตัวเองแล้วเสร็จ และได้มีความร่วมมือจากทางมหาวิทยาลัยมาจนถึงปัจจุบันในการพัฒนาบุครากรครูในการเรียนการสอนและการฝึกอบรมทางด้าน วิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์ คอมพิวเตอร์

• มหาวิทยาลัยเชียงใหม่

ในปี พ.ศ. 2547 ทางโรงเรียนเทศบาล 6 นครเชียงราย ได้จัดการเรียนการสอนสายศิลป์ (อังกฤษ-คณิตศาสตร์) เป็นรุ่นสุดท้าย และปรับเป็นโรงเรียนวิทยาศาสตร์เต็มรูปแบบโดยใช้ระบบสายการเรียนวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์ ทั้งหมดในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย และในปี 2549 ได้จัดตั้งห้องเรียนโครงการพิเศษขึ้นเป็นปีแรกจำนวน 2 ห้อง โดยได้รับการดูแลหลักสูตรตอนเริ่มจาก ภาควิชาคณิตศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เพื่อให้เป็นไปตามแบบหลักสูตรของ สถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

• โรงเรียนโยธินบูรณะ และ โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ประสานมิตร

ในปี พ.ศ. 2548 ทางโรงเรียนได้มีแผนที่จะจัดตั้งห้องเรียนสำหรับผู้มีความสามารถทางด้านภาษาอังกฤษขึ้นในระดับมัธยมศึกษาตอนต้น จึงได้มีการศึกษาดูงานในโรงเรียนชั้นนำของประเทศในการจัดการเรียนการสอนภาคภาษาอังกฤษ จึงได้เกิดความร่วมมือในการวางหลักสูตรและปรับปรุงหลักสูตรพิเศษภาคภาษาอังกฤษในระดับมัธยมศึกษาตอนต้นโดยความร่วมมือจาก โรงเรียนโยธินบูรณะ และ โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ประสานมิตร ทำให้สามารถเปิดสอนและรับสมัครนักเรียนหลักสูตรพิเศษภาคภาษาอังกฤษชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นในรุ่นแรกได้ในปี พ.ศ. 2549 โดยได้เปิดทำการเรียนการสอนทั้งหมด 2 ห้องเรียน

• มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช

ในปี พ.ศ. 2559 นายวันชัย จงสุทธานามณี นายกเทศมนตรีนครเชียงราย พร้อมด้วยนางอนุรักษ์ บุตรสาร คณะผู้บริหาร และคณะครูโรงเรียนเทศบาล 6 นครเชียงราย เข้าพบ รศ.นพ.อนันต์ มโนมัยพิบูลย์ อธิการบดีมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช เพื่อประสานความร่วมมือทางวิชาการ ในการพัฒนาการศึกษาของเทศบาลนครเชียงราย โดยการจัดตั้งหลักสูตรเตรียมนักเรียนเพื่อศึกษาต่อทางด้านแพทย์ และวิทยาศาสตร์สุขภาพขี้น ซึ่งทางมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช มี คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล และ คณะพยาบาลศาสตร์เกื้อการุณย์ ในการกำกับดูแลของมหาวิทยาลัย

• สถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

ในปี พ.ศ. 2559 ทางโรงเรียนได้รับการสนับสนุนจาก เทศบาลนครเชียงราย ในการเดินทางศึกษาดูการจัดการเรียนการสอนนักเรียน Gifted ในสาขาวิชาต่างของ โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ เนื่องจากทางโรงเรียนเองมีเพียง Giftำd คณิตศาสตร์ ที่ได้รับความร่วมมือจากการจัดหลักสูตรของ ภาควิชาคณิตศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เท่านั้น จึงจำเป็นต้องการขยายห้องเรียนพิเศษ Gifted เพื่อให้ครอบคลุมทุกสาขาวิชา จึงได้มีความร่วมมือจาก โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ และ สถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี จัดตั้งให้โรงเรียนเทศบาล 6 นครเชียงราย เป็น ศูนย์สะเต็มศึกษา ของ สสวท ขึ้นในปี พ.ศ. 2560 โดยใช้ชื่อว่า ศูนย์สะเต็มศึกษา อปท 25 โรงเรียนเทศบาล 6 นครเชียงราย โดยมีหน้าที่อบรมทางไกลสะเต็มศึกษา ระดับมัธยมศึกษาตอนต้นและมัธยมศึกษาตอนปลาย และมีหน้าที่ในการจัดสถานที่ในการอบรมครูทางไกลผ่านระบบอินเทอร์เน็ต เตรียมเอกสารประกอบการอบรม สื่อชุดกิจกรรมสะเต็มศึกษา ในรายวิชา วิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์ เทคโนโลยี ในการกำกับของมหาวิทยาลัยพี่เลี้ยงตามที่ สสวท ได้กำหนดให้