การศึกษาของกระทรวงธรรมการ(กระทรวงศึกษาธิการในปัจจุบัน)ในปี พ.ศ. 2454 – 2455 ได้แบ่งชั้นเรียนวิสามัญ ออกเป็น 9 ชั้น คือ ชั้นมูล 3 ชั้น ชั้นประถม 3 ชั้น และชั้นมัธยม 3 ชั้น ขณะนั้นจังหวัดจันทบุรีมีโรงเรียนวัดจันทนารามแห่งเดียวที่เปิดสอนชั้นสูงสุดคือ ประโยคประถม (ป.3) ผู้ที่จบประโยคประถมแล้วถ้าต้องการศึกษาต่อชั้นมัธยม ต้องไปศึกษา ที่ กรุงเทพฯ

ต้นปี พ.ศ. 2454 ขุนวิภาชวิทยาสิทธิ์ (สังข์ พุกกะเวส) ธรรมการมณฑลจันทบุรี (ภายหลังได้เลื่อนเป็น พระวิภาชวิทยาสิทธิ์) และครูพูล (ขาว) ผู้ช่วยข้าหลวงธรรมการมณฑลจันทบุรี (ภายหลังได้บรรดาศักดิ์เป็นขุนชำนิอนุสรณ์ ตำแหน่งธรรมการจังหวัดจันทบุรี) ได้ร่วมกันพิจารณาหาที่ตั้งโรงเรียนตัวอย่างประจำมณฑลจันทบุรี (มณฑลจันทบุรี ประกอบด้วย จังหวัดจันทบุรี ระยอง และตราด) เมื่อพิจารณาแล้ว เห็นว่า วัดจันทนารามตั้งอยู่ริมแม่น้ำ มีปัญหาเรื่องน้ำท่วม การเดินทางต้องลงเรือ ส่วนวัดกลาง อยู่บนเนินสูง น้ำไม่ท่วม นักเรียนสัญจรไปมาสะดวก ทั้งมีบริเวณกว้างขวาง และในขณะนั้นวัดกลางเป็นวัดร้าง มีพระภิกษุรูปเดียว มีศาลาการเปรียญ 1 หลัง กุฏิ 3 หลัง ซึ่งพระภิกษุอาศัยอยู่ 1 หลัง กุฏิอีก 2 หลัง สามารถใช้เป็นอาคารเรียนชั่วคราวได้ เหมาะสมที่จะจัดตั้งเป็นโรงเรียนประจำมณฑลต่อไป

กลางปี พ.ศ. 2454 ทางราชการได้ส่งครูมาให้ 2 คน คือ ครูพูล (ดำ) และครูกัลป์ ธรรมการมณฑลจึงสั่งโอนนักเรียนประถม 15 คน จากวัดจันทนาราม มาเรียนที่ศาลาการเปรียญวัดกลาง เมื่อวันที่ 6 กันยายน พ.ศ. 2454 และประกาศรับนักเรียนชาย หญิง เข้าเรียนชั้นมูล 1 ที่ศาลาการเปรียญด้วยต้นปี พ.ศ. 2455 ได้เลื่อนนักเรียนที่สอบไล่ได้ประโยคประถมเป็นนักเรียนฝึกหัดมณฑลจันทบุรี โดยเรียนที่กุฏิร้าง 1 หลัง และให้นักเรียนที่สอบได้ประถมปีที่ 2 ของวัดจันทนาราม มาเรียนประโยคประถมที่วัดกลางโดยเรียนที่กุฏิร้างอีก 1 หลัง พระราชทานนาม “เบญจมราชูทิศ”

ปี พ.ศ. 2455 ข้าราชการในมณฑลจันทบุรี ได้พร้อมใจกัน บริจาคเงินสร้างอาคารเรียนหลังแรกเพื่ออุทิศพระราชกุศลถวายแด่ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 โดยอาคารหลังนี้ สร้างเป็นเรือนปั้นหยาชั้นเดียว 6 ห้องเรียน ยาว 12 วา 2 ศอก กว้าง 6 วา มีมุขและระเบียง 3 ด้าน ตัวไม้ใช้ไม้ตะเคียนล้วน ส่วนพื้นและเครื่องบนใช้ไม้ยางบ้าง ตัวอาคารทาสีฟ้าและมีรางน้ำรอบ การทำได้ทำอย่างประณีตงดงามแน่นหนาถาวรทุกประการ (ที่ตั้งอยู่บริเวณอาคาร9ในปัจจุบัน ทางเข้าออก อยู่ด้านถนนเบญจมราชูทิศ) เมื่อสร้างเสร็จเป็นโรงเรียนสมบูรณ์แล้วจึงขอพระราชทานนามโรงเรียน พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานว่า “เบญจมราชูทิศ” และเนื่องจากในปีนี้กระทรวงธรรมการได้เปลี่ยนหลักสูตรการศึกษา เป็นชั้นประถม 3 ชั้น และมัธยม 8 ชั้น ชั้นมูลไม่มี ดังนั้นที่โรงเรียนวัดจันทนารามคงให้สอนเพียง ชั้น ป.1 – ป.3 ผู้ที่ประสงค์จะเรียนชั้นมัธยมต้องมาเรียนที่โรงเรียนเบญจมราชูทิศ ซึ่งเป็นโรงเรียนตัวอย่างประจำมณฑล (ชาย)

ครั้นวันที่ 22 ตุลาคม พ.ศ. 2456 วันคล้ายวันสวรรคต พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (สวรรคตวันที่ 22 ตุลาคม พ.ศ. 2453 เวลา 24.45 น. หรืออาจนับเป็นวันที่ 23 ตุลาคม เวลา 0.45 น.) จึงได้จัดการทำพิธีเปิดโรงเรียนโดย ขุนวิภาชวิทยาสิทธ์ ธรรมการมณฑลจันทบุรี อ่านรายงานการก่อสร้างสมุหเทศาภิบาลสำเร็จราชการมณฑลจันทบุรี พระยาตรังคภูมาภิบาล (ถนอม บุณยเกตุ) ประธานในพิธีกล่าวคำประกาศเปิดนาม และประกอบพิธีเปิดนามโรงเรียน เมื่อจัดงานฉลองและบำเพ็ญกุศลแล้วจึงเริ่มการสอนแก่นักเรียนในนามโรงเรียน “เบญจมราชูทิศ” ตั้งแต่วันที่ 23 ตุลาคม 2456 เป็นต้นมา โดยได้ใช้ชื่อโรงเรียนทางราชการตามลำดับจากอดีตถึงปัจจุบันดังนี้

• พ.ศ. 2456 – พ.ศ. 2461 โรงเรียนเบญจมราชูทิศ มณฑลจันทบุรี
  
• พ.ศ. 2462 – พ.ศ. 2473 โรงเรียนประจำมณฑลจันทบุรี “เบญจมราชูทิศ”
  
• พ.ศ. 2474 – พ.ศ. 2494 โรงเรียนประจำจังหวัดจันทบุรี “เบญจมราชูทิศ”
  
• พ.ศ. 2495 – พ.ศ. 2503 โรงเรียนจันทบุรี “เบญจมราชูทิศ”
  
• พ.ศ. 2503 – ปัจจุบัน โรงเรียนเบญจมราชูทิศ จังหวัดจันทบุรี