ชื่อโรงเรียน "เบ็ญจะมะมหาราช" แห่งนี้แตกต่างจากโรงเรียนอื่นที่มีชื่อขึ้นต้นด้วยคำว่า "เบญจม" ทั้งหลาย เพราะถือเอาตามลายพระหัตถ์ที่สมเด็จพระอนุชาธิราช เจ้าฟ้าจักรพงษ์ภูวนาถ กรมหลวงพิษณุโลกประชานาถ ได้ประทานนามไว้เมื่อปี พ.ศ. 2458 และเป็นโรงเรียนเดียวที่ต่อท้ายด้วย "มหาราช" ในประเทศไทย สำหรับชื่อในภาษาอังกฤษใช้ตามที่กรมวิชาการ กระทรวงศึกษาธิการ กำหนดให้ใช้ในการออกเอกสารใบรับรองผลการเรียนว่า Benchama Maharat School