โรงเรียนเมืองนครศรีธรรมราช เปิดสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2499 เป็นหลักสูตรมัธยมศึกษา (ม.1-3) สังกัดกองการศึกษาพิเศษ โดย นายชุ่ม สมพันธ กำนันตำบลนาเคียน เป็นที่ตั้งโรงเรียน ต่อมาได้เปลี่ยนเป็นหลักสูตรประถมศึกษาตอนปลาย (ป.5-7) สังกัดกรมสามัญศึกษา

ปี 2515 ได้ย้ายมาอยู่ที่วัดจอมล้าน (วัดร้าง) หมู่ที่ 1 ตำบลนาทราย ซึ่งมีเนื้อที่ประมาณ 21 ไร่เศษ ซึ่งเป็นที่ตั้งโรงเรียนจนถึงปัจจุบัน

ปี 2519 กรมสามัญศึกษาได้สั่งยุบโรงเรียนเมืองนครศรีธรรมราช ซึ่งเปิดสอนตามหลักสูตรประถมศึกษาตอนปลาย และตั้งโรงเรียนตามชื่อเดิม แต่เปลี่ยนแปลงหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น สังกัดกองการมัธยมศึกษากรมสามัญศึกษา

ปี 2527 กรมสามัญศึกษาได้อนุมัติให้ขยายชั้นเรียนมัธยมศึกษาตอนปลาย