โรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานีเป็นโรงเรียนสหศึกษาสังกัดกองการมัธยมศึกษา กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ เปิดสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นถึงมัธยมศึกษาตอนปลาย โรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานีเปิดรับนักเรียนเข้าศึกษาเป็นครั้งแรก ระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 ปี พ.ศ. 2499 ใช้อักษรย่อ ส.ฎ.10 ฝากเรียนที่โรงเรียนวัดบางใบไม้ ต.บางใบไม้ อ.เมือง จ.สุราษฎร์ธานี ในปี พ.ศ. 2500 ย้ายมาที่ตั้งปัจจุบัน เลขที่ 223 ถ.ลูกเสือ อ.เมือง จ.สุราษฎร์ธานี แล้วถูกเปลี่ยนมารับนักเรียนเข้าศึกษาต่อในระดับชั้นประถมศึกษาตอนปลายตามหลักสูตร 7 : 3 : 2

โรงเรียนได้รับการคัดเลือกให้เป็น โรงเรียนที่สงวนไว้เพื่อการทดลองทางวิชาการประถมศึกษา ของ จังหวัดสุราษฎร์ธานี ในความรับผิดชอบของหน่วยศึกษานิเทศก์ สำนักงานศึกษาธิการจังหวัดสุราษฎร์ธานี ด้วยเหตุผลนี้ เมื่อรัฐบาลโอนการศึกษาประชาบาล (ป. 1 - ป. 7) ไปสังกัดกรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย โรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานียังคงสังกัดกรมสามัญศึกษาเช่นเดิม

ปี พ.ศ. 2521 รัฐบาล พลเอก เกรียงศักดิ์ ชมะนันท์ ได้ประกาศใช้แผนการศึกษาแห่งชาติฉบับใหม่ กระทรวงศึกษาธิการได้เปลี่ยนหลักสูตร โดยกำหนดชั้นเรียนระดับประถมศึกษามัธยมศึกษา เป็น 6 : 3 : 3 และกระทรวงได้ ยุบโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี จากโรงเรียนระดับประถมศึกษาและตั้งเป็นโรงเรียนระดับมัธยมศึกษาโดยมีนายทรง จีระกุลเป็นอาจารย์ใหญ่คนแรก

ปี พ.ศ. 2527 กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นายณรงค์ กาญจนประทุม เป็นอาจารย์ใหญ่ แทนนายทรง จีระกุล ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ โรงเรียนเวียงสระ ในช่วงนี้โรงเรียนได้วางโครงการปรับปรุงและพัฒนาโรงเรียน ทั้งในด้านอาคาร สถานที่ ได้รื้อถอนอาคารที่มีสภาพทรุดโทรม สร้างหอประชุมและอาคารเรียนใหม่เพื่อขยายห้องเรียนเพิ่มขึ้นและ พ.ศ. 2530 นายณรงค์ กาญจนประทุมดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี

วันที่ 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2533 นายกาญจน์ จามพัฒน์ ผู้อำนวยการโรงเรียนเวียงสระ ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนแทนนายณรงค์ กาญจนประทุม ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเวียงสระ และ นายกาญจน์ จามพัฒน์ได้พัฒนาโรงเรียนให้ก้าวหน้าต่อไปจน ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้อำนวยการ ระดับ 9 คนแรกของจังหวัดสุราษฎร์ธานี

วันที่ 5 พฤศจิกาจน พ.ศ. 2535 นายโกวิทย์ นวลขาว ผู้อำนวยการโรงเรียนกาญจนดิษฐ์ จังหวัดสุราษฎร์ธานี ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนแทนนายกาญจน์ จามพัฒน์ ซึ่งเกษียณอายุราชการ ในช่วงนี้โรงเรียนได้ดำเนินนโยบายพัฒนาและปรับปรุงในทุกๆด้าน เพื่อให้โรงเรียนได้บรรลุถึงเป้าหมายและมุ่งสนองความต้องการของชุมชนและท้องถิ่น จนเป็นโรงเรียนของชุมชนอย่างแท้จริง และได้รับรางวัลดีเด่นด้านต่างๆหลายครั้ง

วันที่ 24 ธันวาคม พ.ศ. 2541 นายไพโรจน์ อินทรศรีสม ผู้อำนวยการโรงเรียนเดชะปัตตยานุกูล จังหวัดปัตตานี ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนแทนนายโกวิทย์ นวลขาว ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสามัญศึกษา จังหวัดสุราษฎร์ธานี โรงเรียนได้รับการพัฒนาปรับปรุงการดำเนินงานในด้านต่างๆอย่างรวดเร็วและต่อเนื่อง

วันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2543 นายนิคม โพธิ์เพชร ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านนาสาร จังหวัดสุราษฎร์ธานี ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี ในช่วงนี้โรงเรียนได้ปรับปรุงพัฒนาการดำเนินงานในด้านต่างๆ ควบคู่กันไป โดยเฉพาะอย่างยิ่งการปกครองดูแลนักเรียน จนได้รับรางวัลเกียรติยศดีเด่น จาก สำนักงานตำรวจแห่งชาติ เมื่อวันที่ 23 สิงหาคม 2545

ปี พ.ศ. 2547-2550 นายสุนิตย์ พิมาน ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี แทนนายนิคม โพธิ์เพชร โรงเรียนได้รับรางวัลธนาคารโรงเรียนดีเด่น โรงเรียนได้ผ่านเกณฑ์การประเมินคุณภาพจากภายนอกรอบที่ 1 ผลการประเมินอยู่ในระดับพึงพอใจ ศูนย์ดนตรีไทยโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานีได้รับพระกรุณาธิคุณจาก สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี โปรดเกล้าพระราชทานถ้วยรางวัลในการจัดประกวดดนตรีไทยนักเรียนระดับภาคใต้ ครั้งที่ 1 ณ โรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี

ปี พ.ศ. 2550-2555 ว่าที่ร้อยตรีทวีศักดิ์ ยศถา ผู้อำนวยการโรงเรียนเกาะสมุย ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี แทนนายสุนิตย์ พิมาน โรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี ร่วมลงนามกับโรงเรียนมัธยมบาดาวี รัฐปีนัง ประเทศมาเลเซีย ในการร่วมกันพัฒนาการจัดการศึกษาทำให้โรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานีได้พัฒนาในทุกด้านอย่างต่อเนื่อง โรงเรียนได้รางวัลชนะเลิศระดับภาคใต้จากการประกวดโครงงานวิทยาศาสตร์ หัวข้อ พลังงานเพื่อลดโลกร้อน โรงเรียนผ่านเกณฑ์การประเมินคุณภาพจากภายนอกรอบที่ 2 ผลการประเมินอยู่ในระดับดี

ปี พ.ศ. 2555-2557 นายเจนจัด ภักดีไทย ผู้อำนวยการโรงเรียนเวียงสระ ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี แทนว่าที่ร้อยตรีทวีศักดิ์ ยศถา โรงเรียนได้รางวัลสถานศึกษาดีเด่น รองชนะเลิศอันดับ 2 ระดับจังหวัด โครงการยุวชนประกันภัย ได้รับรางวัลโรงอาหารได้มาตรฐานสุขาภิบาลอาหารระดับ ดีมาก ของกรมอนามัย ประจำปี 2556 และได้รับยกย่องเป็นสถานศึกษาที่มีผลงานเด่นด้านคุณธรรม ได้รับรางวัลเหรียญทองในการแข่งขัน Robot Asian Student's Fair ณ ประเทศมาเลเซีย

ปี พ.ศ. 2557-2560 นายพิสิษฐ ศักดา ผู้อำนวยการโรงเรียนทีปราษฎร์พิทยา ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี แทนนายเจนจัด ภักดีไทย โรงเรียนพัฒนาในทุกๆด้านอย่างต่อเนื่อง เช่น ดำเนินการปรับปรุงหอประชุมรินทอง งบประมาณ 3,000,000 บาท / การปรับปรุงสนามฟุตบอล / การทอดผ้าป่าเพื่อการศึกษาเพื่อนำเงินสมทบเพื่อการก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์ จำนวน 1,100,000 บาทและ โรงเรียนผ่านการประเมินคุณภาพรอบที่ 3 ผลการประเมินอยู่ในระดับดี

ปี พ.ศ. 2560-2562 นายเกรียงไกร แก้วมีศรี ผู้อำนวยการโรงเรียนโรงเรียนมัธยมพัชรกิติยาภา 3 สุราษฎร์ธานี ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี แทนนายพิสิษฐ ศักดา โรงเรียนได้มีการสร้างพระพุทธรูปบูชา / สวนโมกข์สวนเมือง โรงเรียนมีการยกระดับภาพลักษณ์องค์กรให้มีภาพลักษณ์ที่ดีขึ้นและยกระดับคุณภาพการศึกษาและคุณภาพนักเรียนอย่างก้าวกระโดด ส่งผลให้ในปีการศึกษาต่อมาในการรับสมัครนักเรียนเพื่อศึกษาต่อ โดยอัตราการแข่งขันเพื่อสอบเข้ารับการศึกษานั้นสูงขึ้นอย่างไม่เคยปรากฎตั้งแต่ก่อตั้งสถานศึกษา และดำเนินการปรับปรุงภูมิทัศน์โดยรอบโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานีเพื่อสร้างสิ่งแวดล้อมที่เหมาะสมแก่การพัฒนาศักยภาพของนักเรียน

ปี พ.ศ. 2563-ปัจจุบัน นางวรรณา มณีรัตน์ ผู้อำนวยการโรงเรียนโรงเรียนมัธยมพัชรกิติยาภา 3 สุราษฎร์ธานี ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี แทนนายนายเกรียงไกร แก้วมีศรี โรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานีได้มุ่งเน้นการพัฒนานักเรียนทั้ง ด้านวิชาการควบคู่วิชาชีพ และเน้นในเรื่องความรักใคร่สมัครสมานสามัคคีภายในองค์กรทั้งบุคลากรและนักเรียน โดยในการพบปะนักเรียนครั้งแรกนั้นท่านได้มีคำพูดที่ว่า " พี่ดูแลน้อง น้องให้เกียรติและเคารพรุ่นพี่ ทุกคนต้องรักและสามัคคี " โดยให้ทุกคนยึดประโยคนี้เป็นคติประจำใจ โดยในขณะนั้นทั่วทั้งโลกเผชิญกับโรคระบาด COVID-19 ที่ระบาดอย่างร้ายแรง โรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานีภายใต้การนำของท่านผู้อำนวยการ วรรณา มณีรัตน์ ได้มีการปรับทั้งระบบการเรียนการสอนอีกทั้งพัฒนาสิ่งแวดล้อมในโรงเรียนจากเดิมที่ นายเกรียงไกร แก้วมีศรี ได้พัฒนาไว้ในระดับนึงแล้ว ให้มีความปลอดภัยในด้านสาธารณสุข ทั้งต่อนักเรียนและบุคลากรภายในโรงเรียน ให้สอดคล้องกับสภาวะการแพร่ระบาดของไวรัส COVID-19 ซึ่งจะส่งผลในระยะยาวต่อแผนการพัฒนาสิ่งแวดล้อมต่างๆในโรงเรียนเมืองสุราษฎร์ธานี