โรงเรียนเลยอนุกูลวิทยา เปิดให้การศึกษาขั้นพื้นฐานระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1-6 (ช่วงชั้นที่ 3-4) โดยมีองค์กรหลักของสถานศึกษาที่มีหน้าที่จัดการเรียนรู้ ได้แก่ กลุ่มสาระการเรียนรู้ต่างๆ รวม 8 กลุ่ม คือ

• กลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาไทย
• กลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาต่างประเทศ
• กลุ่มสาระการเรียนรู้คณิตศาสตร์
• กลุ่มสาระการเรียนรู้วิทยาศาสตร์
• กลุ่มสาระการเรียนรู้สังคมศึกษา ศาสนา และวัฒนธรรม
• กลุ่มสาระการเรียนรู้พลศึกษาและสุขศึกษา
• กลุ่มสาระการเรียนรู้ศิลปะ
• กลุ่มสาระการเรียนรู้การงานอาชีพและเทคโนโลยี

ปัจจุบัน โรงเรียนเลยอนุกูลวิทยาได้จัดทำหลักสูตรสถานศึกษาโดยยึดตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 เป็นหลักสูตรแกนกลางการศึกษา และจัดแผนการเรียนการสอนอย่างครอบคลุมและตรงตามความต้องการของผู้เรียน ดังนี้