ศาสนจักรคาทอลิกในประเทศไทยมีสภาประมุขแห่งบาทหลวงโรมันคาทอลิกแห่งประเทศไทยเป็นองค์การปกครองสูงสุด[14] มีสมาชิกซึ่งประกอบด้วยมุขนายกมิสซังต่าง ๆ ทั่วประเทศไทย ปัจจุบันมีพระคุณเจ้าหลุยส์ จำเนียร สันติสุขนิรันดร์ เป็นประธานสภาฯ นอกจากนี้สภาฯ ยังได้ตั้งคณะกรรมการที่ปรึกษา คณะกรรมการฝ่าย และคณะกรรมการคาทอลิกเพื่อกิจการด้านต่าง ๆ ดังนี้[15]

• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อพิธีกรรม
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อคริสตศาสนธรรม
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อบาทหลวงและผู้ถวายตัว
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อคริสตชนฆราวาส
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อการธรรมทูต
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อการศึกษา
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อศาสนสัมพันธ์และคริสตสัมพันธ์
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อมรดกวัฒนธรรมและสิ่งแวดล้อม
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อการพัฒนาสังคม
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อการอภิบาลสังคม
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อสื่อมวลชน
• คณะกรรมการคาทอลิกเพื่อเทคโนโลยีสารสนเทศ