มีลูกสาว 2 คน ชื่อ กัลยาณี พุ่มรัตน์ (ชื่อเล่น : ยุ้ย)​ และ ไพลิน พุ่มรัตน์ (ชื่อเล่น : ใหม่)​[2]

ไพฑูรย์ได้เข้ารับการรักษาผ่าตัดรักษามะเร็งปอด จนหายดีและได้ตรวจพบวัณโรคเมื่อวันศุกร์ที่ 18 กันยายน 2563 ในวันถัดมา คือ วันเสาร์ที่ 19 กันยายน 2563 บอล เชิญยิ้ม ได้โพสต์ในเฟซบุ๊ก​ส่วนตัวว่า ไพฑูรย์ เสียชีวิตแล้วด้วยโรคแทรกซ้อนวัณโรคปอดหลังจากรักษาโรคมะเร็งปอด[3] ที่โรงพยาบาลเสรีรักษ์ เมื่อ​เวลา 22:10[4] ​