หลังจากที่เกิดสงครามระหว่างระหว่างแม็กซิโกและอเมริกา เพื่อแย่งชิงรัฐเท็กซัสในช่วงปี ค.ศ. 1846 – ค.ศ. 1848 ได้จบลงด้วยชัยชนะของสหรัฐอเมริกา ซึ่งลีเองก็มีส่วนช่วยสำคัญในการรบครั้งนั้น ลีได้รับการแต่งตั้งให้เป็น พันเอกโรเบิร์ต เอ็ดเวิร์ด ลี ซึ่งเป็นยศที่สูงสุดของลีในสหรัฐอเมริกา เพราะเมื่อสหพันธรัฐอเมริกา หรืออเมริกาใต้ ได้ประกาศแยกตัวออกป็นอิสระจากสหรัฐอเมริกา เนื่องจากฝ่ายใต้ไม่ยอมรับนโยบายเลิกทาสของประธานาธิบดีอับราฮัม ลินคอร์น ของฝ่ายเหนือ ซึ่งการแยกตัวของฝ่ายใต้ เป็นเหตุนำไปสู่สงครามกลางเมืองอเมริกา ซึ่ง 1 ในรัฐทั้ง 11 รัฐของฝ่ายใต้ ก็คือรัฐเวอร์จิเนีย บ้านเกิดของผู้พันลี ทำให้ลีได้ตัดสินใจสละหน้าที่การงานในสหรัฐอเมริกาทั้งหมด เพื่อกลับมารับใช้บ้านเกิดที่เวอร์จิเนีย โดยหลังจากเขาเข้าร่วมกับสมาพันธรัฐอเมริกา ลีก็ได้รับการแต่งตั้งจากฝ่ายใต้ให้เป็น พลเอกโรเบิร์ต เอ็ดเวิร์ด ลี

นายพลโรเบิร์ต อี. ลี ได้เข้ามาดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการของกองทัพแห่งเวอร์จิเนียเหนือ ของฝ่ายใต้ นายพลลีสามารถนำชัยชนะมาสู่ฝ่ายใต้ได้หลายครั้งในช่วงสงครามกลางเมือง ทั้ง ๆ ที่ฝ่ายใต้เสียเปรียบฝ่ายเหนืออยู่หลายอย่าง แต่ด้วยความสามารถของนายพลลีทำให้เป็นที่หวั่นเกรงของฝ่ายเหนือไม่น้อย และในช่วงต้นสงคราม กองทัพฝ่ายใต้ใต้การบัญชาการของนายพลลีเป็นฝ่ายรุกในสงคราม และมีแนวโน้มได้รับชนะสูงอยู่พอสมควร

แต่ชัยชนะก็ไม่ได้อยู่ในกำมือของนายพลลีเสมอไป เพราะกองทัพแห่งเวอร์จิเนียเหนือ ใต้การนำของเขาก็ประสบความพ่ายแพ้บ้างเป็นบางสมรภูมิ ที่โด่งดังมากที่สุดก็คงหนีไม่พ้นยุทธการเกตตีสเบิร์ก ที่กองทัพของนายพลลีพ่ายแพ้แก่ฝ่ายเหนืออย่างราบคาบ ถึงแม้จะได้รับความเสียหายอย่างหนักทั้งสองฝ่ายก็ตามที ซึ่งหลังยุทธการเกตตีสเบิร์ก นายพลลีได้ยื่นใบลาออก แต่ไม่ผ่านการอนุมัติ ลียังคงร่วมรบกับฝ่ายใต้ต่อไป จนกระทั่งฝ่ายเหนือสามารถรุกเข้ามาถึงเวอร์จิเนีย นายพลลีได้ถอยทัพลงไปเรื่อย ๆ จนไปจนมุมในที่สุด ลีได้ยอมแพ้ต่อฝ่ายเหนือในปี ค.ศ. 1865