ผู้นำสูงสุด

คาเงะ (影, เงา) หัวหน้าหรือประมุขนินจาผู้ที่เก่งที่สุดของแต่ละแคว้น โดยคาเงะมี 5 แคว้นนินจายักษ์ใหญ่ ที่มีคาเงะด้วยกัน 5 คน แคว้นละคน โดยเป็นนินจาที่เก่งกาจกับมีประสบการณ์กับสร้างวีรกรรมสารพัด ที่ถูกหมู่บ้านยอมรับให้เป็น ไม่ก็คาเงะคนก่อนจะเสนอชื่อ ไม่ก็ผู้ติดตามคาเงะได้เลื่อนขั้น หรือไดเมียวเป็นคนตัดสินใจเลือก แต่ถ้าหาคาเงะคนใหม่ไม่ได้ จะให้คาเงะคนเก่าที่เกษียณหรือยังไม่ตายมาดำรงตำแหน่งต่อไปจนกว่าจะหาคนใหม่มารับช่วงต่อได้

• โฮคาเงะ (火影, เงาไฟ) ของหมู่บ้านโคโนฮะงาคุเระ
• มิซึคาเงะ (水影, เงาน้ำ) ของหมู่บ้านคิริงาคุเระ
• ซึจิคาเงะ (土影, เงาดิน) ของหมู่บ้านอิวะงาคุเระ
• ไรคาเงะ (雷影, เงาสายฟ้า) ของหมู่บ้านคุโมะงาคุเระ
• คาเซะคาเงะ (風影, เงาลม) ของหมู่บ้านซึนะงาคุเระ

นินจาทั่วไป

โดยหลังจากกระสำเร็จในแต่ละชั้น นินจาจะประจำในทีมต่างดังต่อไปนี้

หน่วยลับนินจา

หน่วยลับนินจา (暗部, อันบุ) หน่วยนินจาที่จัดตั้งขึ้นมาสำหรับปฏิบัติการพิเศษ ระดับ S ซึ่งปฏิบัติตามคำสั่งของโฮคาเงะและจะคอยตามล่าผู้ที่มีชื่ออยู่ในบัญชีดำ โดยทุกคนบางส่วนคือเหล่าเด็กกำพร้าที่ถูกฝึกเป็นสายลับ โดยเฉพาะโอโรจิมารุ เช่น คาคาชิ ซาอิ ยามาโตะ (ปัจจุบันไม่เป็นแล้ว)

ANBU หรือ หน่วยลับนินจา นั้นมาจากชื่อภาษาญี่ปุ่นเต็มๆ ว่า Ansatsu Senjutsu Tokushu Butaiที่หมายถึง " หน่วยกำลังรบพิเศษ ล่าสังหาร "

นินจาในหน่วย ANBU จะสวมหน้ากากรูปสัตว์ชนิดต่างๆ , สวมเกราะที่แขน และมีรอยสักแสดงถึงการเป็นนินจาหน่วยลับที่ต้นแขนทุกคน

จึงเป็นสายลับคอยปกป้องคุ้มครองหมู่บ้าน และรับภารกิจพิเศษต่างๆ ที่มีความเสี่ยงอันตรายสูง รวมถึงหน้าที่ลอบสังหารศัตรู ดังนั้น นินจาหน่วยลับจึงต้องมีฝีมือชั้นสูงเข้าขั้นระดับ S ( Extremely Strong ninja )

ซึ่งหน่วยลับนินจานี้จะขึ้นตรงกับ โฮคาเงะ เท่านั้น แต่ละแคว้นก็จะมีหน่วยลับเป็นของตัวเองและขึ้นตรงกับคาเงะนั้นๆ

ในเรื่อง นินจาคาถา นั้น นินจาจากหน่วยลับของหมู่บ้านโคโนฮะ จะมีลักษณะพิเศษ คือ จะพกดาบคาตานะ ( Katana ) เป็นดาบสไตล์ญี่ปุ่น โดยจะพกไว้ที่ด้านหลังของแต่ละคน และก็จะแบ่งเป็นหน่วยย่อย นั่นคือ มีหัวหน้าหน่วยย่อย 1 คน และสมาชิกใหม่ 3 คน รวมเป็น 4 คน..เหมือนๆกับกลุ่มของพวกนารูโตะละครับ ในบางครั้งสมาชิกในกลุ่มก็อาจจะมีนินจาระดับจูนิน ( Chunin ) อยู่ในกลุ่มด้วยแต่ก็ขึ้นกับลักษณะของภารกิจ แต่ที่แน่ๆ ก็คือ นินจาที่จะเป็นหัวหน้าหน่วยย่อยนั้นจะต้องเป็นระดับโจนินฝีมือเยี่ยมเท่านั้น...

นินจาหน่วยลับ ANBU ของโคโนฮะ ที่เด่นๆ ก็เช่น คาคาชิ , ยามะโตะ , อิทาจิ เป็นต้น

นอกจากนี้ นินจา ANBU ก็จะมี " Bingo Book " ซึ่งจะมีรายชื่อและรูปของนินจาที่แต่ละแคว้นหมายหัว..(ใน Naruto ภาค Shippuden นั้น " ซาสึเกะ " ก็ ถูกจัดเข้าอยุ่ใน Bingo Book เพราะถือว่าเป็นบุคคลที่อาจเป็นอันตรายต่อหมู่บ้าน)

หน่วยราก

หน่วยราก (根, รูท) เป็นกลุ่มนินจาที่ขึ้นตรงต่อดันโซและเป็นหน่วยลับที่เป็นองค์กรพิเศษของหมู่บ้านโคโนฮะ โดยนินจาของรากจะไม่มีชื่อ ไม่มีอารมณ์ ไม่มีอดีต ไม่มีอนาคต มีเพียงภารกิจ แม้จะเป็นภารกิจที่สกปรกแค่ไหนก็ตาม และนินจาหน่วยรากทุกคนจะมีอักขระที่ลิ้น โดยเป็นอักขระที่จะทำให้นินจารากทุกคนไม่สามารถพูดเรื่องความลับในหน่วยรากให้คนนอกรู้ได้เลย โดยเฉพาะเรื่องความลับของดันโซ เพราะถ้าพูดร่างกายจะเป็นอัมพาตกับพูดไม่ได้อีกเลย แต่ถ้าดันโซตาย ผนึกจะคลาย โดยจะยศสูงกว่าโจนินเป็นหน่วยลับ

นินจาล่าสังหาร

นินจาล่าสังหาร (追い忍, โอะอินิน) เป็นกลุ่มนินจาที่ตามฆ่านินจาถอนตัวและเป็นหน่วยลับพิเศษของคิริงาคุเระ โดยเมื่อเจอตัวจะฆ่าทิ้งและทำลายศพตรงนั้นทันที เช่น โมโมจิ ซาบุสะ (เมื่อก่อน แต่ตอนนี้ถอนตัวไปแล้ว) ไรกะ แต่ตอนนี้ไม่เป็นแล้ว คุริอาราเระ คุชิมารุ

นินจาแพทย์

นินจาแพทย์ (医療忍者, อิเรียวนินจา) มีหน้าที่รักษาอาการบาดเจ็บของนินจาคนอื่น ๆ ในทีม มีความรู้ในการปรุงยาแก้พิษ เช่น ซึนาเดะ ชิซึเนะ ซากุระ และอิโนะ โดยมีความสามารถในการหลบหนีสูงเพื่อใช้โอกาสในการรักษาให้กับตัวเองหรือคนที่บาดเจ็บในทีม โดยจะมีวิชาเฉพาะทางของนินจาแพทย์เอง เช่น เทพแห่งวิชาแพทย์ซึนาเดะ จะมีหมัดทลายภูผา,วิชาสร้างร่างคืนชีพที่จะทำให้เธอไม่มีวันตายในการต่อสู้ และวิชาลับเบียคุโก ,ชิซึเนะมีวิชาหมอกพิษ เป็นต้น

นินจาถอนตัว

นินจาถอนตัว (抜け忍, นุเกะนิน) เป็นนินจาที่หายออกไปจากหมู่บ้าน โดยปกติจะเป็นพวกที่ทรยศและจะถูกล่า ลักษณะคือ ผ้าคาดหน้าผากจะมีรอยขีดฆ่าทับสัญลักษณ์ของหมู่บ้านนินจานั้น เราจะเห็นได้จากพวกแสงอุษา โดยนินจาล่าสังหาร เช่น โมโมจิ ซาบุซะ ซาสึเกะ แล้วก็พวกแสงอุษาด้วย

สามนินจาในตำนาน

สามนินจาในตำนาน (伝説の三忍, ซังนิน) ของหมู่บ้านโคโนฮะ ได้แก่ โอโรจิมารุ,จิไรยะ,ซึนาเดะ เป็นศิษย์ของโฮคาเงะรุ่นที่ 3