เทกิชู โมโตยามะ นักวิจัยอาหารของญี่ปุ่นเผยว่า อาหารแผ่นบางที่ชื่อ ฟูโนยากิ (麩の焼き) อาจจะเป็นต้นแบบของโอโกโนมิยากิ แม้จะไม่ค่อยมีส่วนผสมที่ใกล้เคียงกับโอโกโนมิยากิเลยก็ตาม[2] คำว่า ฟูโนยากิ ปรากฏในหลักฐานตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 16 จากงานเขียนของเซ็ง โนะ ริกีว พ่อค้าชงชาผู้มีชื่อเสียง[3] (แต่บ้างก็ว่าเป็นเพียงคำบอกเล่าเท่านั้น) โดยมีการใช้แป้งเปียกในการทำ แม้ในช่วงปลายของยุคเอโดะ ฟูโนยากิ จะหมายถึงแผ่นแป้งบางทามิโซะแล้วนำไปอบที่เตา

นักวิจัยโมโตยามะเผยว่า หลังจากนั้นก็มีการดัดแปลงจนอยู่ในรูปอาหารที่เรียกว่า เนริอัง (練餡) หรือแผ่นถั่วหวาน จากนั้นก็ถูกเรียกว่า กินสึบะ (銀つば) ที่เกียวโตและโอซากะ และเมื่ออาหารนี้เผยแพร่ไปถึงเอโดะ (โตเกียว) อาหารนี้ก็ถูกเรียกว่า คินสึบะ (金つば)

ในยุคเมจิ ขนมชนิดนี้ถูกนำไปขายที่ร้านขายขนมแบบ ดางาชิยะ (駄菓子屋) และมีชื่อเรียกว่า โมจิยากิ แต่หลังจากแผ่นดินไหวครั้งใหญ่คันโต พ.ศ. 2466 เมื่อผู้คนไม่มีสิ่งบันเทิงใจ ก็เกิดแนวคิดทำอาหารชนิดนี้เพื่อฆ่าเวลา[2]

ต่อมาที่เกียวโต ย่านอิซเซ็งโยโชกุ (一銭洋食) หรือย่านอาหารตะวันตกหนึ่งเซน ในช่วงเริ่มต้นของยุคไทโช ก็เริ่มมีการคิดค้นโอโกโนมิยากิฉบับแรกขึ้น